Характеристика полного генома хлоропластов Pedicularis flava (Orobanchaceae)
УДК 582.952.6+575.113
Аннотация
Pedicularis flava Pall. – многолетнее травянистое растение, распространённое в Китае (Внутренняя Монголия), Монголии и России (Забайкальский край (г. Чита), Республика Тыва). В Монголии этот вид довольно широко распространён в нескольких фитогеографических регионах. В этом исследовании мы впервые собрали и аннотировали полный пластидный геном P. flava с помощью высокопроникающего секвенирования. Кольцевой геном P. flava был идентифицирован как двухцепочечная кольцевая молекула ДНК длиной 149 087 пар с содержанием GC 38,4 %. Геном состоит из однокопийного большого фрагмента (LSC) генома (83 576 п. н.), однокопийного малого фрагмента (SSC) генома (14 169 п. н.), разделённых двумя инвертированными повторами (IRs) по 25 671 п. н. каждый. Пластом кодирует 113 уникальных генов, что сходно с другими видами Pedicularis. Он включает 4 гена рРНК, 30 генов тРНК и 79 белок-кодирующих генов, среди которых 4 рРНК, 7 тРНК и 7 белок-кодирующих генов были продублированы в IR-регионах. Филогенетический анализ показал, что виды Pedicularis образовали монофилетическую кладу, а P. flava сгруппировался с P. resupinata.
Скачивания
Metrics
Литература
Baasanmunkh S., Urgamal M., Oyuntsetseg B., Sukhorukov A. P., Tsegmed Z., Son D. C., et al. 2022. Flora of Mongolia: annotated checklist of native vascular plants. PhytoKeys 192: 63–169. https://doi.org/10.3897/phytokeys.192.79702
Beier S., Thiel T., Münch T., Scholz U., Mascher M. 2017. MISA-web: a web server for microsatellite prediction. Bioinformatics 33(16): 2583–2585. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx198
Bolger A. M., Lohse M., Usadel B. 2014. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30(15): 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
Cho W. B., Choi B. H., Kim J. H., Lee D. H., Lee J. H. 2018. Complete plastome sequencing reveals an extremely diminished SSC region in hemiparasitic Pedicularis ishidoyana (Orobanchaceae). Ann. Bot. Fenn. 55: 171–183. https://doi.org/10.5735/085.055.0122
Dierckxsens N., Mardulyn P., Smits G. 2016. NOVOPlasty: de novo assembly of organelle genomes from whole genome data. Nucl. Acids Res. 45(4): gkw955. https://doi.org/10.1093/nar/gkw955
Doyle J. J., Doyle J. L. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bull. 19: 11–15.
Gao L. Z., Liu Y. L., Zhang D., Li W., Gao J., Liu Y., Li K., Shi C., Zhao Y., Zhao Y. J., Jiao J. Y. 2019. Evolution of Oryza chloroplast genomes promoted adaptation to diverse ecological habitats. Commun. Biol. 2(1): 278. https://doi.org/10.1038/s42003 019 0531 2
Jiang Y., Li H., Wu M., Zhang X., Baasanmukh S., Li H., Sun H., Chen S. 2025. Comparative chloroplast genomes of Incarvillea species (Bignoniaceae) unveiled genomic diversity and shed light on phylogenetic relationships. BMC Plant Biol. 25: 399. https://doi.org/10.1186/s12870-025-06380-6
Katoh K. 2002. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nucleic Acids Res. 30(14): 3059–3066. https://doi.org/10.1093/nar/gkf436
Kosachev P. A. 2010. Synopsis of the families Scrophulariaceae Juss. and Pediculariaceae Juss. of Altai mountain country. Turczaninowia 13, 1: 19–102.
Kusnetsov V. V. 2018. Chloroplasts: Structure and expression of the plastid genome. Rus. J. Plant Physiol. 65: 465–476. https://doi.org/10.1134/S1021443718030044
Li X., Yang J.-B., Wang H., Song Y., Corlett R. T., Yao X., Li D.-Z., Yu W.-B. 2021. Plastid NDH pseudogenization and gene loss in a recently derived lineage from the largest hemiparasitic plant genus Pedicularis (Orobanchaceae). Plant Cell Physiol. 62(6): 971–984. https://doi.org/10.1093/pcp/pcab074
Liu M.-L., Yu W.-B., Wang H. 2013. Rapid identification of plant species and iFlora: Application of DNA barcoding in a large temperate genus Pedicularis (Orobanchaceae). Plant Divers. 35(6): 707–714. https://doi.org/10.7677/ynzwyj201313168
Liu S., Ni Y., Li J., Zhang X., Yang H., Chen H., Liu C. 2023. CPGView: A package for visualizing detailed chloroplast genome structures. Mol. Ecol. Res. 23(3): 694–704. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13729
Nyamgerel N., Baasanmunkh S., Oyuntsetseg B., Bayarmaa G.-A., Erst A., Park I., Choi H. J. 2023. Insight into chloroplast genome structural variation of the Mongolian endemic species Adonis mongolica (Ranunculaceae) in the Adonideae tribe. Sci. Rep. 13: 1–12. https://doi.org/10.1038/s41598-023-49381-x
Oyuntsetseg D., Nyamgerel N., Baasanmunkh S., Oyuntsetseg B., Urgamal M., Yoon J. W., Bayarmaa G.-A., Choi H. J. 2024. The complete chloroplast genome and phylogenetic results support the species position of Swertia banzragczii and Swertia marginata (Gentianaceae) in Mongolia. Bot. Stud. 65: 11. https://doi.org/10.1186/s40529-024-00417-z
POWO [2024]. Plants of the World Online. Kew: Facilitated by the Royal Botanic Gardens. URL: http://www.plantsoftheworldonline.org (Accessed 16 November 2024).
Provan J., Powell W., Hollingsworth P. M. 2001. Chloroplast microsatellites: New tools for studies in plant ecology and evolution. Trends Ecol. Evol. 16(3): 142–147. https://doi.org/10.1016/S0169-5347(00)02097-8
Rambaut A. 2012. FigTree v1. 4. Molecular evolution, phylogenetics and epidemiology. Edinburgh: University of Edinburgh, Institute of Evolutionary Biology.
Stamatakis A. 2014. RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. Bioinformatics 30(9): 1312–1313. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033
Tamura K., Stecher G., Kumar S. 2021. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11. Mol. Biol. Evol. 38(7): 3022–3027. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
Tillich M., Lehwark P., Pellizzer T., Ulbricht-Jones E. S., Fischer A., Bock R., Greiner S. 2017. GeSeq – versatile and accurate annotation of organelle genomes. Nucl. Acids Res. 45(W1): W6–W11. https://doi.org/10.1093/nar/gkx391
Tkach N., Ree R. H., Kuss P., Röser M., Hoffmann M. H. 2014. High mountain origin, phylogenetics, evolution, and niche conservatism of arctic lineages in the hemiparasitic genus Pedicularis (Orobanchaceae). Mol. Phylogenetics Evol. 76: 75–92. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2014.03.004
Wang M., Zhang S., Zhang L. 2024. The complete chloroplast genome sequences of three Pedicularis species (Orobanchaceae). Genet. Mol. Biol. 47(3): e20240010. https://doi.org/10.1590/1678-4685-GMB-2024-0010
Wang T., Li X., Tang C., Cao Z., He H., Ma X., Li Y., De K. 2024. Complete chloroplast genomes and phylogenetic relationships of Pedicularis chinensis and Pedicularis kansuensis. Sci. Rep. 14: 14357. https://doi.org/10.1038/s41598-024-63815-0
Wu C., Fang D., Wei J., Wang X., Chen X. 2019. The complete chloroplast genome of Pedicularis alaschanica (Orobanchaceae). Mitochondrial DNA 4(2): 2197–2198. https://doi.org/10.1080/23802359.2019.1623723
Yu W.-B., Huang P.-H., Ree R. H., Liu M.-L., Li D.-Z., Wang H. 2011. DNA barcoding of Pedicularis L. (Orobanchaceae): Evaluating four universal barcode loci in a large and hemiparasitic genus. J. Syst. Evol. 49(5): 425–437. https://doi.org/10.1111/j.1759-6831.2011.00154.x
Zhang R., Wang J., Han K., Ting R., Shuyun Z., Edward B., Zhan-Lin L. 2017. Complete chloroplast genome sequence of Pedicularis cheilanthifolia, an alpine plant in China. Conserv. Genet. Resour. 9: 619–621. https://doi.org/10.1007/s12686-017-0740-2
Zhang Q., Lu Z., Guo M., Kang J., Li J., He X., Wu J., Liu R., Dang J., Li Z. 2024. Responses of three Pedicularis species to geological and climatic changes in the Qinling Mountains and adjacent areas in East Asia. Plants 13: 765. https://doi.org/10.3390/plants13060765
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
