Стандарты в проточной цитометрии растений: обзор, вопросы полиморфизма и линейности
УДК 58.08+575.113+575.224.234.2
Аннотация
В статье представлен краткий обзор основных видов растений, используемых в качестве стандартов в проточной цитометрии. Проведена оценка их линейности на основе прямых измерений в течение года в условиях теплицы и открытого грунта. Значения содержания ДНК измерены в двух общепринятых в настоящее время значениях – на основе геномов человека (7,0 пг) и риса (0,795 пг). Выявлено, что среди значений содержания ДНК стандартов на основе генома человека, не линейны значения содержания ДНК у Raphanussativus и Solanum lycopersicum. В числе стандартов на основе генома риса выявлены отклонения в линейности для размеров геномов Pisum sativum, Vicia faba и Allium cepa. В работе впервые приведены наши прямые измерения содержания ДНК на основе размера генома риса для часто используемых стандартов, таких как ячмень, рожь, кукуруза и многих других. Выявлено, что нелинейность в основном связана со значением размера генома первоначального стандарта, инструментальными вариациями и полиморфизмом содержания ДНК стандартов. С помощью множественных стандартов исследованы некоторые виды многолетних растений, которые потенциально возможно использовать в качестве стандарта ввиду низкого полиморфизма содержания ДНК и удобства использования. В статье подробно исследованы особенности использования стандартов, а также акцентированно внимание на некоторых методических аспектах, обеспечивающих точность данных в проточной цитометрии растений.
Скачивания
Metrics
Литература
Bainard J. D., Husband B. C., Baldwin S. J., Fazekas A. J., Gregory T. R., Newmaster S. G., Kron P. 2011. The effects of rapid desiccation on estimates of plant genome size. Chromosome Res. 19(6): 825–842. DOI: 10.1007/s10577-011-9232-5
Banks P. 1984. A new diploid chromosome number for tomato (Lycopersicon esculentum)? Can. J. Genet. Cytol. 26(5): 636–639. DOI: 10.1139/g84-099
Baranyi M., Greilhuber J. 1996. Flow cytometric and Feulgen densitometric analysis of genome size variation in Pisum. Theor. Appl. Genet. 92: 297–307. DOI: 10.1007/BF00223672
Bennett M. D. 1972. Nuclear DNA content and minimum generation time in herbaceous plants. Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 181 (1063): 109–135. DOI: 10.1098/rspb.1972.0042
Bennett M. D., Bhandol P., Leitch I. J. 2000. Nuclear DNA amounts in angiosperms and their modern uses – 807 New Estimates. Ann. Bot. 86(4): 859–909. DOI:10.1006/anbo.2000.1253
Bennett M., Johnston J., Hodnett G., Price H. 2000. Allium cepa L. cultivars from four continents compared by flow cytometry show nuclear DNA constancy. Ann. Bot. 85(3): 351–357. DOI: 10.1006/anbo.1999.1071
Bennett M. D., Leitch I. J. 1995. Nuclear DNA amounts in angiosperms. Ann. Bot. 76(2): 113–176. DOI: 10.1006/anbo.1995.1085
Bennett M. D., Leitch I. J. 1997. Nuclear DNA amounts in angiosperms – 583 new estimates. Ann. Bot. 80(2): 169–196. DOI: 10.1006/anbo.1997.0415
Bennett M. D., Leitch I. J. 2001. Nuclear DNA amounts in pteridophytes. Ann. Bot. 87(3): 335–345. DOI:10.1006/anbo.2000.1339
Bennett M. D., Leitch I. J. 2005. Nuclear DNA amounts in angiosperms: progress, problems and prospects. Ann. Bot. 95(1): 45–90. DOI: 10.1093/aob/mci003
Bennett M. D., Leitch I. J. 2011. Nuclear DNA amounts in angiosperms: targets, trends and tomorrow. Ann. Bot. 107(3): 467–590. DOI: 10.1093/aob/mcq258
Bennett M. D., Leitch I. J., Price H. J., Johnston J. S. 2003. Comparisons with Caenorhabditis (100 Mb) and Drosophila (175 Mb) using flow cytometry show genome size in Arabidopsis to be 157 Mb and thus 25 % larger than the Arabidopsis genome Initiative estimate of 125 Mb. Ann. Bot. 91(5): 547–557. DOI: 10.1093/aob/mcg057
Bennett M. D., Smith J. B. 1976. Nuclear DNA amounts in angiosperms. Philos Trans R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 274 (933): 227–274. DOI: 10.1098/rstb.1976.0044. PMID: 6977
Bennett M. D., Smith J. B., Heslop-Harrison J. S. 1982. Nuclear DNA amounts in angiosperms. Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 216: 179–199. DOI: 10.1098/rspb.1982.0069
Bourge M., Brown S., Siljak-Yakovlev S. 2018. Flow cytometry as tool in plant sciences, with emphasis on genome size and ploidy level assessment. Genetics and Applications. 2, 2: 1–12. DOI: 10.31383/ga.vol2iss2pp1-12
Brown S. C., Bourge M., Maunoury N., Wong M., Wolfe Bianchi M., Lepers-Andrzejewski S., Besse P., Siljak-Yakovlev S., Dron M., Satiat-Jeunemaître B. 2017. DNA Remodeling by strict partial endoreplication in Orchids, an original process in the plant kingdom. Genome Biol. Evol. 9(4): 1051–1071. DOI: 10.1093/gbe/evx063
Chen J., Wang Z., Tan K., Huang W., Shi J., Li T., Hu J., Wang K., Wang C., Xin B., Zhao H., Song W., Hufford M. B., Schnable J. C., Jin W., Lai J. 2023. A complete telomere-to-telomere assembly of the maize genome. Nat. Genet. 55: 1221–1231. DOI: 10.1038/s41588-023-01419-6
Clark J., Hidalgo O., Pellicer J., Liu H., Marquardt J., Robert Y., Christenhusz M., Zhang S., Gibby M., Leitch I. J., Schneider H. 2016. Genome evolution of ferns: evidence for relative stasis of genome size across the fern phylogeny. New Phytol. 210(3): 1072–1082. DOI: 10.1111/nph.13833
Darzynkiewicz Z., Traganos F., Kapuscinski J., Staiano-Coico L., Melamed M. R. 1984. Accessibility of DNA in situ to various fluorochromes: relationship to chromatin changes during erythroid differentiation of Friend leukemia cells. Cytometry A 5(4): 355–363. DOI: 10.1002/cyto.990050411
Doležel J., Bartos J. 2005. Plant DNA flow cytometry and estimation of nuclear genome size. Ann. Bot. 95(1): 99–110. DOI: 10.1093/aob/mci005
Doležel J., Bartoš J., Voglmayr H., Greilhuber J. 2003. Nuclear DNA content and genome size of trout and human. Cytometry A 51: 127–128. DOI: 10.1002/cyto.a.10013
Doležel J., Doleželová M., Novák F. 1994. Flow cytometric estimation of nuclear DNA amount in diploid bananas (Musa acuminata and M. balbisiana). Biol. Plant. 36: 351–357. DOI: 10.1007/BF02920930
Doležel J., Greilhuber J. 2010. Nuclear genome size: are we getting closer? Cytometry A 19: 103–106. DOI: 10.1002/cyto.a.20915
Doležel J., Greilhuber J., Lucretti S., Meister A., Lysák M., Nardi L., Obermayer R. 1998. Plant genome size estimation by flow cytometry: inter-laboratory comparison. Ann. Bot. 82: 17–26. DOI: 10.1093/oxfordjournals.aob.a010312
Doležel J., Greilhuber J., Suda J. 2007a. Estimation of nuclear DNA content in plants using flow cytometry. Nat. Prot. 2(9): 2233–2244. DOI: 10.1038/nprot.2007.310
Doležel J., Greilhuber J., Suda J. 2007b. Flow cytometry with plants: an Overview. In: J. Doležel, J. Greilhuber, J. Suda (eds.). Flow cytometry with plant cells. Weinheim: Wiley-VCH. Pp. 41–66. DOI: 10.1002/9783527610921.ch3
Doležel J., Sgorbati S., Lucretti S. 1992. Comparison of three DNA fluorochromes for flow cytometric estimation of nuclear DNA content in plants. Phys. Plant. 85: 625–631. DOI: 10.1111/j.1399-3054.1992.tb04764.x
Galbraith D. W., Harkins K. R., Maddox J. M., Ayres N. M., Sharma D. P., Firoozabady E. 1983. Rapid flow cytometric analysis of the cell cycle in intact plant tissues. Science 220(4601): 1049–1051. DOI: 10.1126/science.220.4601.1049
Greilhuber J., Doležel J., Lysák MA., Bennett MD. 2005. The origin, evolution and proposed stabilization of the terms ‘genome size’ and ‘C-value’ to describe nuclear DNA contents. Ann. Bot. 95(1): 255–260. DOI: 10.1093/aob/mci019
Greilhuber J., Ebert I. 1994. Genome size variation in Pisum sativum. Genome 37: 646–655. DOI: 10.1139/g94-092
Greilhuber J., Temsch E. M., Loureiro J. C. M. 2007. Nuclear DNA content measurement. In: J. Doležel, J. Greilhuber, J. Suda (eds.). Flow cytometry with plant cells. Weinheim: Wiley-VCH. Pp. 67–101. DOI: 10.1002/9783527610921.ch4
Heller F. O. 1973. DNS-Bestimmung an Keimwurzeln von Vicia faba L. mit Hilfe der Impulseytophotometcie. Ber. Deutsch. Bot. Gesellschaft. 86, 437–441. DOI: 10.1111/j.1438-8677.1973.tb02427.x
Hornych O., Ekrt L., Riedel F., Koutecký P., Košnar J. 2019. Asymmetric hybridization in central European populations of the Dryopteris carthusiana group. Am. J. Bot. 106: 1477–1486. DOI: 10.1002/ajb2.1369
Hou M. H., Lin S. B., Yuann J. M., Lin W. C., Wang A. H., Kan Ls. L. 2001. Effects of polyamines on the thermal stability and formation kinetics of DNA duplexes with abnormal structure. Nucleic Acids Res. 29(24): 5121–5128. DOI: 10.1093/nar/29.24.5121
Hu Y., Resende Jr. M. F. R. 2022. Maize genome assembly with PacBio reads. Bio-101: e4456. DOI: 10.21769/BioProtoc.4456
International Rice Genome Sequencing Project. 2005. The map-based sequence of the rice genome. Nature 436: 793–800. DOI: 10.1038/nature03895
Johnston J. S., Bennett M. D., Rayburn A. L., Galbraith D.W., Price H. J. 1999. Reference standards for determination of DNA content of plant nuclei. American Journal of Botany. 86(5): 609–613. DOI: 10.2307/2656569
Koutecký P., Smith T., Loureiro J., Kron P. 2023. Best practices for instrument settings and raw data analysis in plant flow cytometry. Cytometry A 103(12): 953–966. DOI: 10.1002/cyto.a.24798
Kron P., Husband B. C. 2012. Using flow cytometry to estimate pollen DNA content: improved methodology and applications. Ann. Bot. 110(5): 1067–1078. DOI: 10.1093/aob/mcs167
Kubešová M., Moravcová L., Suda J., Jarošík V., Pyšek P. 2010. Naturalized plants have smaller genomes than their non-invading relatives: a flow cytometric analysis of the Czech alien flora. Preslia 82: 81–96.
Leong-Skornicková J., Sída O., Jarolímová V., Sabu M., Fér T., Trávnícek P., Suda J. 2007. Chromosome numbers and genome size variation in Indian species of Curcuma (Zingiberaceae). Ann. Bot. 100(3): 505–526. DOI: 10.1093/aob/mcm144
Loureiro J., Čertner M., Lučanová M., Sliwinska E., Kolář F., Doležel J., Garcia S., Castro S., Galbraith D. W. 2023. The use of flow cytometry for estimating genome sizes and DNA ploidy levels in plants. Methods Mol. Biol. 2672: 25–64. DOI: 10.1007/978-1-0716-3226-0_2
Loureiro J., Rodriguez E., Doležel J., Santos C. 2006. Comparison of four nuclear isolation buffers for plant DNA flow cytometry. Ann. Bot. 98(3): 679–689. DOI: 10.1093/aob/mcl141
Loureiro J., Rodriguez E., Doležel J., Santos C. 2007. Two new nuclear isolation buffers for plant DNA flow cytometry: a test with 37 species. Ann. Bot. 100(4): 875–888. DOI: 10.1093/aob/mcm152
Lysák M. A., Doležel J. 1998. Estimation of nuclear DNA content in Sesleria (Poaceae). Caryologia 51: 123–132. DOI: 10.1080/00087114.1998.10589127
Marie D., Brown S. C. 1993. A cytometric exercise in plant DNA histograms, with 2C-values for 70 species. Biol. Cell. 78: 41–51. DOI: 10.1016/0248-4900(93)90113-S
Meister A. 2005. Calculation of binding length of base-specific DNA dyes by comparison of sequence and flow cytometric data. Application to Oryza sativa and Arabidopsis thaliana. J. Theor. Biol. 232: 93–97. DOI: 10.1016/j.jtbi.2004.07.022
Nurk S., Koren S., Rhie A., Rautiainen M., Bzikadze A. V., Mikheenko A. et al. 2022. The complete sequence of a human genome. Science 376(6588): 44–53. DOI: 10.1126/science.abj6987
Obermayer R., Leitch I. J., Hanson L., Bennett M. D. 2002. Nuclear DNA C-values in 30 species double the familial representation in pteridophytes. Ann. Bot. 90(2): 209–217. DOI: 10.1093/aob/mcf167
Otto F. 1990. DAPI staining of fixed cells for high-resolution flow cytometry of nuclear DNA. Methods Cell Biol. 33: 105–110. DOI: 10.1016/s0091-679x(08)60516-6
Pfosser M., Amon A., Lelley T., Heberle-Bors E. 1995. Evaluation of sensitivity of flow cytometry in detecting aneuploidy in wheat using disomic and ditelosomic wheat-rye addition lines. Cytometry A 21(4): 387–393. DOI: 10.1002/cyto.990210412
Praça-Fontes M. M., Carvalho C. R., Clarindo W. R., Cruz C. D. 2011. Revisiting the DNA C-values of the genome size-standards used in plant flow cytometry to choose the “best primary standards”. Plant Cell Rep. 30(7): 1183–1191. DOI: 10.1007/s00299-011-1026-x
Ricroch A., Yockteng R., Brown S. C., Nadot S. 2005. Evolution of genome size across some cultivated Allium species. Genome 48: 511-520. DOI: 10.1139/g05-017
Rosado T. B., Clarindo W. R., Carvalho C. R. 2009. An integrated cytogenetic, flow and image cytometry procedure used to measure the DNA content of Zea mays A and B chromosomes. Plant Sci. 176(1): 154–158. DOI: 10.1016/j.plantsci.2008.10.007
Rosato M., Chiavarino A., Naranjo C., Hernandez J., Poggio L. 1998. Genome size and numerical polymorphism for the B chromosome in races of maize (Zea mays ssp. mays, Poaceae). A. J. Bot. 85(2): 168–174. DOI: 10.2307/2446305
Schmuths H., Meister A., Horres R., Bachmann K. 2004. Genome size variation among accessions of Arabidopsis thaliana. Ann. Bot. 93(3): 317–321. DOI: 10.1093/aob/mch037
Shang L., He W., Wang T., Yang Y., Xu Q., Zhao X., Yang L., Zhang H., Li X., Lv Y., Chen W., Cao S., Wang X., Zhang B., Liu X., Yu X., He H., Wei H., Leng Y., Shi C., Guo M., Zhang Z., Zhang B., Yuan Q., Qian H., Cao X., Cui Y., Zhang Q., Dai X., Liu C., Guo L., Zhou Y., Zheng X., Ruan J., Cheng Z., Pan W., Qian Q. 2023. A complete assembly of the rice Nipponbare reference genome. Mol. Plant 16(8): 1232–1236. DOI: 10.1016/j.molp.2023.08.003
Shen Y., Liu J., Geng H., Zhang J., Liu Y., Zhang H., Xing S., Du J., Ma S., Tian Z. 2018. De novo assembly of a Chinese soybean genome. Sci. China Life Sci. 61(8): 871–884. DOI: 10.1007/s11427-018-9360-0
Shirasawa K., Hirakawa H., Fukino N., Kitashiba H., Isobe S. 2020. Genome sequence and analysis of a Japanese radish (Raphanus sativus) cultivar named ‘Sakurajima Daikon’ possessing giant root. DNA Res. 27, 2: dsaa010. DOI: 10.1093/dnares/dsaa010
Скапцов М. В., Смирнов С. В., Куцев М. Г., Шмаков А. И. Проблемы стандартизации в проточной цитометрии растений // Turczaninowia, 2016. Т. 19, № 3. С. 120–122. DOI: 10.14258/turczaninowia.19.3.9
Skaptsov M. V., Vaganov A. V., Kechaykin A. A., Kutsev M. G., Smirnov S. V., Dorofeev V. I., Borodina-Grabovskaya A. E., Seregin A. P., Sinitsina T. A., Friesen N., Zhang X., Shmakov A. I. 2020. The cytotypes variability of the complex Selaginella sanguinolenta s. l. Turczaninowia. 23, 2: 5–14. DOI: 10.14258/turczaninowia.23.2.1
Sliwinska E., Loureiro J., Leitch I. J., Šmarda P., Bainard J., Bureš P., Chumová Z., Horová L., Koutecký P., Lučanová M., Trávníček P., Galbraith D. W. 2022. Application-based guidelines for best practices in plant flow cytometry. Cytometry A 101(9): 749–781. DOI: 10.1002/cyto.a.24499
Šmarda P., Bureš P., Horová L., Foggi B., Rossi G. 2008. Genome size and gc content evolution of Festuca: ancestral expansion and subsequent reduction. Ann. Bot. 101(3): 421–433. DOI:10.1093/aob/mcm307
Šmarda P., Bureš P., Horová L., Leitch I. J., Mucina L., Pacini E., Tichý L., Grulich V., Rotreklová O. 2014. Ecological and evolutionary significance of genomic GC content diversity in monocots. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111(39): 4096–4102. DOI: 10.1073/pnas.1321152111
Šmarda P., Knápek O., Šilerová A., Horová L., Grulich V., Danihelka J., Veselý P., Šmerda J., Rotreklová O., Bureš P. 2019. Genome sizes and genomic guanine+cytosine (GC) contents of the Czech vascular flora with new estimates for 1700 species. Preslia 91(2): 117–142. DOI: 10.23855/preslia.2019.117. 2019
Smirnov S., Skaptsov M., Shmakov A., Fritsch R., Friesen N. 2017. Spontaneous hybridization among Allium tulipifolium and A. robustum (Allium subg. Melanocrommyum, Amaryllidaceae) under cultivation. Phytotaxa 303: 155. DOI: 10.11646/phytotaxa.303.2.5
Sokoloff D. D., Degtjareva G. V., Skaptsov M. V., Vislobokov N. A., Kirejtshuk A. G., Sennikov A. N. et al. 2024. Diploids and tetraploids of Acorus (Acoraceae) in temperate Asia are pseudocryptic species with clear differences in micromorphology, DNA sequences and distribution patterns, but shared pollination biology. Taxon 73: 718–761. DOI: 10.1002/tax.13173
Su X., Wang B., Geng X., Du Y., Yang Q., Liang B., Meng G., Gao Q., Yang W., Zhu Y., Lin T. 2021. A high-continuity and annotated tomato reference genome. BMC Genomics 22, 1: 898. DOI: 10.1186/s12864-021-08212-x
Suda J., Krahulcová A., Trávnícek P., Rosenbaumová R., Peckert T., Krahulec F. 2007. Genome size variation and species relationships in Hieracium sub-genus Pilosella (Asteraceae) as inferred by flow cytometry. Ann. Bot. 100(6): 1323–1335. DOI: 10.1093/aob/mcm218
Suda J., Leitch I. J. 2010. The quest for suitable reference standards in genome size research. Cytometry A 77(8): 717–720. DOI: 10.1002/cyto.a.20907. PMID: 20653010
Suda J., Trávnícek P. 2006. Reliable DNA ploidy determination in dehydrated tissues of vascular plants by DAPI flow cytometry – new prospects for plant research. Cytometry A 69(4): 273–280. DOI: 10.1002/cyto.a.20253. PMID: 16528735.
Suda J. 2009. An employment of flow cytometry into plant biosystematics. PhD thesis. Charles University in Prague. 50 pp.
Temsch E. M., Greilhuber J., Krisai R. 2010. Genome size in liverworts. Preslia 82: 63–80.
Temsch E. M., Koutecký P., Urfus T., Šmarda P., Doležel J. 2022. Reference standards for flow cytometric estimation of absolute nuclear DNA content in plants. Cytometry A 101(9): 710–724. DOI: 10.1002/cyto.a.24495
The Arabidopsis Genome Initiative. 2000. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. Nature 408: 796–815. DOI: 10.1038/35048692
Tiersch T. R., Chandler R. W., Wachtel S. S., Elias S. 1989. Reference standards for flow cytometry and application in comparative studies of nuclear DNA content. Cytometry A 10(6): 706–10. DOI: 10.1002/cyto.990100606
Tomato Genome Consortium. 2012. The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature 485, 7400: 635–641. DOI: 10.1038/nature11119
Trávníček P., Ponert J., Urfus T., Jersáková J., Vrána J., Hřibová E., Doležel J., Suda J. 2015. Challenges of flow-cytometric estimation of nuclear genome size in orchids, a plant group with both whole-genome and progressively partial endoreplication. Cytometry A 87(10): 958 – 966. DOI: 10.1002/cyto.a.22681
Van’t Hof J. 1965. Relationships between mitotic cycle duration S period duration and average rate of DNA synthesis in root meristem cells of several plants. Exp. Cell Res. 39: 48–58. DOI: 10.1016/0014-4827(65)90006-6
Veleba A., Šmarda P., Zedek F., Horová L., Šmerda J., Bureš P. 2017. Evolution of genome size and genomic GC content in carnivorous holokinetics (Droseraceae). Ann. Bot. 119(3): 409–416. DOI: 10.1093/aob/mcw229
Veselý P., Bures P., Smarda P., Pavlícek T. 2012. Genome size and DNA base composition of geophytes: the mirror of phenology and ecology? Ann. Bot. 109(1): 65–75. DOI: 10.1093/aob/mcr267
Vilhar B., Greilhuber J., Dolenc-Koce J., Temsch E. M., Dermastia M. 2001. Plant genome size measurement with DNA image cytometry. Ann. Bot. 87(6): 719–728.
Wang G., Yang Y. 2016. The effects of fresh and rapid desiccated tissue on estimates of Ophiopogoneae genome size. Plant Divers. 38(4): 190–193. DOI: 10.1016/j.pld.2016.08.001
Xu L., Wang Y., Dong J., Zhang W., Tang M., Zhang W., Wang K., Chen Y., Zhang X., He Q., Zhang X., Wang K., Wang L., Ma Y., Xia K., Liu L. 2023. A chromosome-level genome assembly of radish (Raphanus sativus L.) reveals insights into genome adaptation and differential bolting regulation. Plant Biotechnol. J. 21(5): 990–1004. DOI: 10.1111/pbi.14011
Yi X., Liu J., Chen S., Wu H., Liu M., Xu Q., Lei L., Lee S., Zhang B., Kudrna D., Fan W., Wing RA., Wang X., Zhang M., Zhang J., Yang C., Chen N. 2022. Genome assembly of the JD17 soybean provides a new reference genome for comparative genomics. G3 (Bethesda). 12, 4: jkac017. DOI: 10.1093/g3journal/jkac017
Yokoya K., Roberts A. V., Mottley J., Lewis R., Brandham P. E. 2000. Nuclear DNA amounts in roses. Ann. Bot. 85(4): 557–561. DOI: 10.1006/anbo.1999.1102
Zonneveld B. J. M. 2021. Selected perennial plants do provide convenient standards for the determination of genome sizes with flow cytometry. Plant Syst. Evol. 307: 28. DOI: 10.1007/s00606-021-01747-2
Zonneveld B. J. M., Van Iren F. 2000. Flow cytometric analysis of DNA content in Hosta reveals ploidy chimeras. Euphytica 111: 105–110. DOI: 10.1023/A:1003879408413
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
