Универсальные ПЦР-праймеры для идентификации видов рода Sanguisorba и других представителей семейства Rosaceae
УДК 582.734.4+575.174.015.3
Аннотация
Разработано семь пар праймеров для амплификации некодирующих участков ДНК хлоропластов с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Для выяснения универсальности праймеров мы использовали их для амплификации фрагментов ДНК различных видов растений семейства Rosaceae. Праймеры являются пригодными для генотипирования видов рода Sanguisorba и некоторых видов семейства Rosaceae. С помощью данных праймеров возможно амплифицировать некодирующие полиморфные области хлоропластной ДНК, а значит, они могут быть использованы при выявлении межвидовых различий и в популяционной генетике растений.
Скачивания
Metrics
Литература
Casper B., Jackson R. 1997. Plant competition underground. Annual Review of Ecology and Systematics 28: 545–570.
Freitas A., da Anunciacao R., D’ Oliveira-Matielo C., Stefenon V. 2018. Chloroplast DNA: A promising source of information for plant phylogeny and traceability. J. Mol. Biol. Methods 1, 1. DOI: 10.1007/978-1-4615-3276-7
Govaerts R., Nic Lughadha E., Black N., Turner R., Paton A. 2021. The world checklist of vascular plants, a continuously updated resource for exploring global plant diversity. Scientific Data 8: 215. DOI: 10.1038/s41597-021-00997-6
Guo D., Chen J., Tan L., Jin M., Ju F., Cao Z. 2019. Terpene glycosides from Sanguisorba officinalis and their anti-inflammatory effects. Molecules 24: 2906. DOI: 10.3390/molecules24162906
Hartl D., Clark A. 2007. Principles of population genetics. Sinauer Associates: 37–63.
Hebert P., Cywinska A., Ball S., Waard J. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 270: 313–321.
Hong S., Cheon K., Yoo K., Lee H., Cho K., Suh J., Kim S., Nam, J., Sohn H., Kim Y. 2017. Complete chloroplast genome sequences and comparative analysis of Chenopodium quinoa and C. album. Front. Plant Sci. 8: 1696.
Im S., Wang Z., Lim S., Lee O., Kang I. 2017. Bioactivity-guided isolation and identification of anti-adipogenic compounds from Sanguisorba officinalis. Pharm. Biol. 55: 2057–2064. DOI: 10.1080/13880209.2017.1357736
Inkyu P., Junho S., Sungyu Y., Goya C., Byeongcheol M. 2021. A comprehensive study of the genus Sanguisorba (Rosaceae) based on the floral micromorphology, palynology, and plastome analysis. Genes 12: 1764. DOI: 10.3390/genes12111764
Jang E., Kim S., Lee N., Kim H., Chae S., Han C. 2018. Sanguisorba officinalis extract, ziyuglycoside I and II exhibit antiviral effects against hepatitis B virus. Eur. J. Integr. Med. 20: 165–172. DOI: 10.1016/j.eujim.2018.05.009
Ji H., Ahn K., Cho H., Kim H., Kim Y., Kim O. 2018. Sanguisorba officinalis L. extracts activate wnt/β-catenin pathway, and subsequently control adipo-osteogenic differentiation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 504: 352–358. DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.08.196
Jung D., Lee O., Kang I. 2016. Sanguisorba officinalis L. extracts exert antiobesity effects in 3t3-l1 adipocytes and c57bl/6j mice fed high-fat diets. J. Med. Food 19: 768–779. DOI: 10.1089/jmf.2016.3704
Kim H., Jang E., Kim S., Choi, J., Lee N., Kim D. 2018. Preclinical evaluation of in vitro and in vivo antiviral activities of kct-01, a new herbal formula against hepatitis b virus. evidence-based complement. Altern. Med. 2018: 1–9. DOI: 10.1155/2018/10735092018
King R., Read D., Traugott M., Symondson W. 2008. Molecular analysis of predation: a review of best practice for DNA-based approaches. Molecular Ecology 17: 947–963.
Koressaar T., Lepamets M., Kaplinski L., Raime K., Andreson R., Remm M. 2018. Primer3_masker: integrating masking of template sequence with primer design software. Bioinformatics 34: 1937–1938.
Kuang H., Li H., Wang Q., Yang B., Wang Z., Xia Y. 2011. Triterpenoids from the roots of Sanguisorba tenuifolia var. alba. Molecules 16: 4642–4651. DOI: 10.3390/molecules16064642
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. 2018. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 35(6): 1547–1549.
Куцев М. Г., Синицына Т. А., Кондо К. Генетические различия между тремя видами Sanguisorba L. из Западной Сибири на основе на основе метода случайно амплифицированных фрагментов ДНК (RAF) // Turczaninowia, 2013. Т. 16, № 2. С. 134–137.
Lee S., Heo Ki., Cho J., Lee C., Chen W., Kim S. 2011. New insights into pollen morphology and its implications in the phylogeny of Sanguisorba L. (Rosaceae; Sanguisorbeae). Plant Syst. Evol. 291: 227–242. DOI: 10.1007/s00606-010-0384-0.
Leister D., Pesaresi P. 2018. The genomic era of chloroplast research. Ann. Plant Rev. 13: 1–29. DOI: 10.1002/9781119312994.apr0121
Lenzi A., Orlandini A., Bulgari R., Ferrante A., Bruschi P. 2019. Antioxidant and mineral composition of three wild leafy species: a comparison between microgreens and baby greens. Foods 8: 487. DOI: 10.3390/foods8100487
Li C., Ikeda H., Ohba H. 2003. Sanguisorba L. In: Z. Y. Wu, P. H. Rawen, D. Y. Hong (eds.). Flora of China. Vol. 9. Beijing: Science Press; St. Louis: Missouri Botanical Garden Press. Pp. 384–387.
Linder C., Moore L., Jackson R. 2000. A universal molecular method for identifying underground plant parts to species. Molecular Ecology 9: 1549–1559.
Linnaeus C. 1753. Species plantarum. Tomus 1: 116.
Liu M., Liao M., Dai C., Chen J., Yang C. 2016. Sanguisorba officinalis L. synergistically enhanced 5-fluorouracil cytotoxicity in colorectal cancer cells by promoting a reactive oxygen species-mediated, mitochondria-caspase-dependent apoptotic pathway. Sci. Rep. 6: 34245. DOI: 10.1038/srep34245
Mader M., Pakull B., Blanc-Jolivet C., Paulini-Drewes M., Bouda Z., Degen B., Small I., Kersten B. 2018. Complete chloroplast genome sequences of four meliaceae species and comparative analyses. Int. J. Mol. Sci. 19: 701.
Meng X., Tang G., Liu P., Zhao C., Liu Q., Li H. 2020. Antioxidant activity and hepatoprotective effect of 10 medicinal herbs on ccl4-induced liver injury in mice. World J. Gastroenterol. 26: 5629–5645. DOI: 10.3748/wjg.v26.i37.5629
Morgan D., Soltis D., Robertson K. 1994. Systematic and evolutionary implications of rbcL sequence variation in Rosaceae. Am. J. Bot. 81: 890–903.
Nam S., Lkhagvasuren K., Seo H., Kim J. 2017. Antiangiogenic effects of ziyuglycoside ii a major active compound of Sanguisorba officinalis L. Phytother Res. 31: 1449–1456. DOI: 10.1002/ptr.5874
Potter D., Eriksson T., Evans R., Oh S., Smedmark J., Morgan D., Kerr M., Robertson K., Arsenault M., Dickinson T., Campbell C. 2007. Phylogeny and classification of Rosaceae. Plant Syst. Evol. 266: 5–43. DOI: 10.1007/s00606-007-0539-9
Pschenichnaja I. N., Krasnoborov I. M. 1986. A new species of the genus Sanguisorba (Rosaceae) from Seminskiy pass (Altai). Izv. Sibir. otdel. Akad. nauk. Ser. Biol. Nauk 18: 3–5. [In Russian] (Пшеничная И. Н., Красноборов И. М. Новый вид рода Sanguisorba (Rosaceae) с Семинского перевала (Алтай) // Изв. Сиб. отдел. Акад. наук. Сер. Биол. наук, 1986. № 18. С. 3 5).
Raymond M., Rousset F. 1995. GENEPOP (version 1.2): population genetics software for exact tests and ecumenicism. J. Heredity 86: 248–249.
Rohlf F. 2018. NTSYSpc: Numerical Taxonomy System, ver. 2.21r. Applied Biostatistics: 16–39.
Romojaro A., Botella M., Obon C., Pretel M. 2013. Nutritional and antioxidant properties of wild edible plants and their use as potential ingredients in the modern diet. Int. J. Food Sci. Nutr. 64: 944–952. DOI: 10.3109/09637486.2013.821695
Rousset F. 2008. Genepop'007: a complete reimplementation of the Genepop software for Windows and Linux. Mol. Ecol. Resources 8: 103–106. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x
Schulze-Menz G. 1964. Rosaceae. In: H. Melchior (ed.). Engler’s Syllabus der Pflanzenfamilien II. 12th ed. Berlin: Gebrüder Borntraeger. Pp. 209–218.
Slatkin M. 1987. Gene flow and the geographic structure of natural populations. Science 236: 787–792. DOI: 10.1126/science.3576198
Smouse P., Long G., Sokal R. 1986. Multiple regression and correlation extensions of the mantel test of matrix correspondence. Syst. Zool. 35: 627–632.
Son D., Hwang S., Kim M., Park U., Kim B. 2015. Anti-diabetic and hepato-renal protective effects of ziyuglycoside II methyl ester in type 2 diabetic mice. Nutrients 7: 5469–5483. DOI: 10.3390/nu7075232
Su X., Ali I., Arooj M., Koh Y., Yang S., Kim Y. 2018. Chemical constituents from Sanguisorba officinalis L. and their inhibitory effects on lps-stimulated pro-inflammatory cytokine production in bone marrow-derived dendritic cells. Arch. Pharm. Res. 41: 497–505. DOI: 10.1007/s12272-018-1035-1
Su X., Guo R., Yang S., Kim Y., Kim Y. 2019. Anti-bacterial effects of components from Sanguisorba officinalis L. on vibrio vulnificus and their soluble epoxide hydrolase inhibitory activity. Nat. Prod. Res. 33: 3445–3449. DOI: 10.1080/14786419.2018.1478825
Taggart J., Cahill J., McNickle G., Hall J. 2011. Molecular identification of roots from a grassland community using size differences in fluorescently labelled PCR amplicons of three cpDNA regions. Molecular Ecology Resources 11: 185–195.
Takhtajan A. 1997. Diversity and classification flowering plants. New York: Columbia University Press. 643 pp.
Tan Y., Shudo T., Yoshida T., Sugiyama Y., Si J., Tsukano C. 2019. Ellagic acid, extracted from Sanguisorba officinalis, induces G1 arrest by modulating PTEN activity in B16F10 melanoma cells. Genes Cells 24: 688–704. DOI: 10.1111/gtc.12719
Valentini A., Pompanon F., Taberlet P. 2009. DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology et Evolution 24: 110–117.
Wallinger C., Juen A., Staudacher K., Schallhart N., Mitterrutzner E., Steiner E. 2012. Rapid plant identification using species and group-specific primers targeting chloroplast DNA. PLoS ONE 7: e29473. DOI: 10.1371/journal.pone.0029473
Xiang-Xiao M., Yan-Fang X., Li X., Dong Z., Yu-Hua S., Ming-Li W., Gang-Qiang D., Siu-Po I., Zhi-Xiu L., Lan W., Wei S. 2018. Complete chloroplast genomes from Sanguisorba: Identity and variation among four species. Molecules 23: 2137. DOI: 10.3390/molecules23092137
Yasueda A., Kayama H., Murohashi M., Nishimura J., Wakame K., Komatsu K. 2020. Sanguisorba officinalis L. derived from herbal medicine prevents intestinal inflammation by inducing autophagy in macrophages. Sci. Rep. 10: 9972. DOI: 10.1038/s41598-020-65306-4
Ye J., Coulouris G., Zaretskaya I., Cutcutache I., Rozen S., Madden T. 2012. Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics 13: 134.
Zhang L., Koyyalamudi S., Jeong S., Reddy N., Smith P., Ananthan R. 2012. Antioxidant and immunomodulatory activities of polysaccharides from the roots of Sanguisorba officinalis. Int. J. Biol. Macromol. 51: 1057–1062. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2012.08.019
Zhao Z., He X., Zhang Q., Wei X., Huang L., Fang J. 2017. Traditional uses, chemical constituents and biological activities of plants from the genus Sanguisorba L. Am. J. Chin. Med. 45: 199–224. DOI: 10.1142/S0192415X17500136
Zhu L., Chen L., Bai C., Wu A., Liang S., Huang F. 2020. A rapid and sensitive UHPLC-MS/MS method for the determination of ziyuglycoside I and its application in a preliminary pharmacokinetic study in healthy and leukopenic rats. Biomed. Pharmacother. 123: 109. DOI: 10.1016/j.biopha.2019.109756
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
