ДНК-штрихкоды сосудистых растений флоры Алтайской горной страны: типовой материал Гербария ALTB
Аннотация
В статье представлены первые результаты работы по ДНК-штрихкодированию типовых образцов, хранящихся в гербарии Алтайского государственного университета (ALTB, г. Барнаул, Россия). Полученные нуклеотидные последовательности маркерных фрагментов ДНК (ITS, trnL-trnF, trnH-psbA) внесены в базу данных NCBI GenBank, и соответствующий датасет опубликован в GBIF.
Скачивания
Metrics
Литература
Chichorro F., Juslen A., Cardoso P. 2019. A review of the relation between species traits and extinction risk. Biological Conservation 237: 220–229. DOI: 10. 1016/j.biocon.2019.07.001
Chinnappareddy L. R. D., Khandagale K., Chennareddy A., Ramappa V. G. 2013. Molecular markers in the improvement of Allium crops. Czech J. Genet. Plant Breed. 49: 131–139. DOI: 10.17221/111/2013-CJGPB
Erst A. S., Nikulin A. Yu., Nikulin V. Yu., Ebel A. L., Zibzeev E. V., Sharples. M. T., Baasanmunkh S., Choi H. JAE, Olonova M. V., Pyak A. I., Gureyeva I. I., Erst T. V., Kechaykin A. A., Luferov A., Maltseva S. Yu., Nobis M., Lian L., Wang W. 2022. Distribution analysis, updated checklist, and DNA barcodes of the endemic vascular flora of the Altai mountains, a Siberian biodiversity hotspot. Systematics and Biodiversity 20(1): 1–30. DOI: 10.1080/14772000.2022.2049391
Guo M., Yuan C., Tao L., Cai Ya., Zhang W. 2022. Life barcoded by DNA barcodes. Conservation Genetics Resources 14: 351–365. DOI: 10.1007/s12686-022-01291-2
Hebert P. D. N., Stoeckle M. Y., Zemlak T. S., Francis C. M. 2004. Identification of birds through DNA Barcodes. PLoS Biology 2:e312. DOI: 10.1371/journal.pbio.0020312
Herden T., Hanelt P., Friesen N. 2016. Phylogeny of Allium L. subgenus Anguinum (G. Don. ex W. D. J. Koch) N. Friesen (Amaryllidaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution 95: 79–93. DOI: 10.1016/j.ympev.2015.11.004
Камелин Р. В. (ред.). Флора Алтая. Т. 1. Барнаул: АзБука, 2005. 340 с.
Колтунова А. М., Синицына Т. А., Скапцов М. В., Уварова О. В., Куцев М. Г. Молекулярно-генетические маркеры растений // От биопродуктов к биоэкономике: материалы III межрегион. науч.-практ. конф. (с междунар. участием) (г. Барнаул, 7–8 ноября 2019 г.). Барнаул: Изд-во Алт. ун-та, 2019. С. 72–78.
Kress W. J., Erickson D. L. 2007. A two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non-coding trnH–psbA spacer region. PLoS ONE 2:e508. DOI: 10.1371/journal.pone.0000508
Куцев М. Г. Фрагментный анализ ДНК растений: RAPD, DAF, ISSR. Барнаул: ARTIKA, 2009. 164 с.
Куцев М. Г., Уварова О. В., Синицына Т. А. Набор синтетических олигонуклеотидов для амплификации и секвенирования ITS1-5,8S-ITS2 сосудистых растений. Патент на изобретение № 2528063, правообладатель ФГБОУ ВПО «Алтайский государственный университет», выдан 16.07.14, приоритет 18.02.2013.
Lahaye R., van der Bank M., Bogarin D., Warner J., Pupulin F., Gigot G., Maurin O., Duthoit S., Barraclough T. G. 2008. DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105(8): 2923–2928. DOI: 10.1073/pnas.0709936105
Loera-Sánchez M., Studer B., Kölliker R. 2020. DNA barcode trnH-psbA is a promising candidate for efficient identification of for-age legumes and grasses. BMC Res Notes 13: 35. DOI: 10.1186/s13104-020-4897-5
Mitrova K., Svoboda P., Ovesna J. 2015. The selection and validation of a marker set for the differentiation of onion cultivars from the Czech Republic. Czech J. Genet. Plant Breed. 51(2): 62–67. DOI: 10.17221/16/2015-CJGPB
Olson D., Dinerstein E. 2002. The global 200: Priority ecoregions for global conservation. Annals of the Missouri Botanical Garden 89(2): 199–224. DOI: 10.2307/3298564
Shaw J., Lickey E. B., Schilling E. E., Small R. L. 2007. Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms: the tortoise and the hare III. Am. J. Bot. 94: 275–288. DOI: 10.3732/ajb.94.3.275
Shneyer V. S., Rodionov A. V. 2019. Plant DNA Barcodes. Biology Bulletin Reviews, 9, 4: 295–300. DOI: 10.1134/S207908641904008X
Sinitsyna T. A., Herden T., Friesen N. 2016. Dated phylogeny and biogeography of the Eurasian Allium section Rhizirideum (Amaryllidaceae). Plant Syst. Evol. 302(9): 1311–1328. DOI: 10.1007/s00606-016-1333-3
Smirnov S., Skaptsov M., Shmakov A., Fritsch R., Friesen N. 2017. Spontaneous hybridization among Allium tulipifolium and A. robustum (Allium subg. Melanocrommyum, Amaryllidaceae) under cultivation. Phytotaxa 303(2): 155–164. DOI: 10.11646/phytotaxa.303.2.5
Taberlet P., Coissac E., Pompanon F., Gielly L., Miquel C., Valentini A. 2007. Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding. Nucleic Acids Res. 35, e14. DOI: 10.1093/nar/gkl938
Taylor H. R., Harris W. E. 2012. An emergent science on the brink of irrelevance: A review of the past 8 years of DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 12: 377–388. DOI: 10.1111/j.1755-0998.2012.03119.x
Vaganov A. V., Shmakov A. I., Gudkova P. D. 2019. Global data on biodiversity of the Altai mountain country, presented in the world's scientific depositories. Acta Biologica Sibirica 5(2): 95–101. DOI: 0.14258/abs.v5.i2.5937
Vaganov A. V., Shmakov A. I., Smirnov S. V., Usik N. A., Shibanova A. A., Kechaykin A. A., Kosachev P. A., Kopytina T. M., Zholnerova E. A., Medvedeva K. E., Zaikov V. F., Sinitsyna T. A., Shalimov A. P., Antonyuk E. V., Gudkova P. D., Dmitriev D. A., Batkin A. A., Kasatkin D. E., Belkin D. L. 2021. Virtual Herbarium ALTB: collection of vascular plants of the Altai Mountain Country. Biodiversity Data Journal 9: e67616.
Vaganov A. V., Sinitsyna T. A., Kutsev M. G., Zholnerova E. A., Kechaykin A. A., Kosachev P. A., Smirnov S. V., Shmakov A. I. 2022. DNA barcodes of the vascular flora of the Altai Mountain Country: type material of the Herbarium ALTB. Version 1.2. Altai State University. Occurrence dataset (accessed via GBIF.org on 2022-11-22). DOI: 10.15468/gtxnbz
Vu H., Le L. 2019. Bioinformatics analysis on DNA barcode sequences for species identification: a review. Annu. Res. Rev. Biol. 34(1): 1–12.
Yao H., Song J., Liu C., Luo K., Han J., Li Y., Pang X., Xu H., Zhu Y., Xiao P., Chen S. 2010. Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals. PLoS ONE 5(10): e13102. DOI: 10.1371/journal.pone.0013102
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
