ДНК-штрихкоды сосудистых растений флоры Алтайской горной страны: типовой материал Гербария ALTB

Ключевые слова: Алтай, биоразнообразие, гербарий, ДНК-штрихкодирование растений, секвенирование, флора, эндемик

Аннотация

В статье представлены первые результаты работы по ДНК-штрихкодированию типовых образцов, хранящихся в гербарии Алтайского государственного университета (ALTB, г. Барнаул, Россия). Полученные нуклеотидные последовательности маркерных фрагментов ДНК (ITS, trnL-trnF, trnH-psbA) внесены в базу данных NCBI GenBank, и соответствующий датасет опубликован в GBIF.

Скачивания

Данные скачивания пока недоступны.

Metrics

Загрузка метрик ...

Литература

Ankola K., Mahadevegowda L. G., Melichar T., Boregowda M. H. 2021. Chapter 18. DNA barcoding: nucleotide signature for identification and authentication of livestock. In: Sukanta Mondal, Ram Lakhan Singh (eds.). Advances in Animal Genomics. Academic Press. Pp. 299–308. DOI: 10.1016/B978-0-12-820595-2.00018-7
Chichorro F., Juslen A., Cardoso P. 2019. A review of the relation between species traits and extinction risk. Biological Conservation 237: 220–229. DOI: 10. 1016/j.biocon.2019.07.001
Chinnappareddy L. R. D., Khandagale K., Chennareddy A., Ramappa V. G. 2013. Molecular markers in the improvement of Allium crops. Czech J. Genet. Plant Breed. 49: 131–139. DOI: 10.17221/111/2013-CJGPB
Erst A. S., Nikulin A. Yu., Nikulin V. Yu., Ebel A. L., Zibzeev E. V., Sharples. M. T., Baasanmunkh S., Choi H. JAE, Olonova M. V., Pyak A. I., Gureyeva I. I., Erst T. V., Kechaykin A. A., Luferov A., Maltseva S. Yu., Nobis M., Lian L., Wang W. 2022. Distribution analysis, updated checklist, and DNA barcodes of the endemic vascular flora of the Altai mountains, a Siberian biodiversity hotspot. Systematics and Biodiversity 20(1): 1–30. DOI: 10.1080/14772000.2022.2049391
Guo M., Yuan C., Tao L., Cai Ya., Zhang W. 2022. Life barcoded by DNA barcodes. Conservation Genetics Resources 14: 351–365. DOI: 10.1007/s12686-022-01291-2
Hebert P. D. N., Stoeckle M. Y., Zemlak T. S., Francis C. M. 2004. Identification of birds through DNA Barcodes. PLoS Biology 2:e312. DOI: 10.1371/journal.pbio.0020312
Herden T., Hanelt P., Friesen N. 2016. Phylogeny of Allium L. subgenus Anguinum (G. Don. ex W. D. J. Koch) N. Friesen (Amaryllidaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution 95: 79–93. DOI: 10.1016/j.ympev.2015.11.004
Камелин Р. В. (ред.). Флора Алтая. Т. 1. Барнаул: АзБука, 2005. 340 с.
Колтунова А. М., Синицына Т. А., Скапцов М. В., Уварова О. В., Куцев М. Г. Молекулярно-генетические маркеры растений // От биопродуктов к биоэкономике: материалы III межрегион. науч.-практ. конф. (с междунар. участием) (г. Барнаул, 7–8 ноября 2019 г.). Барнаул: Изд-во Алт. ун-та, 2019. С. 72–78.
Kress W. J., Erickson D. L. 2007. A two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non-coding trnH–psbA spacer region. PLoS ONE 2:e508. DOI: 10.1371/journal.pone.0000508
Куцев М. Г. Фрагментный анализ ДНК растений: RAPD, DAF, ISSR. Барнаул: ARTIKA, 2009. 164 с.
Куцев М. Г., Уварова О. В., Синицына Т. А. Набор синтетических олигонуклеотидов для амплификации и секвенирования ITS1-5,8S-ITS2 сосудистых растений. Патент на изобретение № 2528063, правообладатель ФГБОУ ВПО «Алтайский государственный университет», выдан 16.07.14, приоритет 18.02.2013.
Lahaye R., van der Bank M., Bogarin D., Warner J., Pupulin F., Gigot G., Maurin O., Duthoit S., Barraclough T. G. 2008. DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105(8): 2923–2928. DOI: 10.1073/pnas.0709936105
Loera-Sánchez M., Studer B., Kölliker R. 2020. DNA barcode trnH-psbA is a promising candidate for efficient identification of for-age legumes and grasses. BMC Res Notes 13: 35. DOI: 10.1186/s13104-020-4897-5
Mitrova K., Svoboda P., Ovesna J. 2015. The selection and validation of a marker set for the differentiation of onion cultivars from the Czech Republic. Czech J. Genet. Plant Breed. 51(2): 62–67. DOI: 10.17221/16/2015-CJGPB
Olson D., Dinerstein E. 2002. The global 200: Priority ecoregions for global conservation. Annals of the Missouri Botanical Garden 89(2): 199–224. DOI: 10.2307/3298564
Shaw J., Lickey E. B., Schilling E. E., Small R. L. 2007. Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms: the tortoise and the hare III. Am. J. Bot. 94: 275–288. DOI: 10.3732/ajb.94.3.275
Shneyer V. S., Rodionov A. V. 2019. Plant DNA Barcodes. Biology Bulletin Reviews, 9, 4: 295–300. DOI: 10.1134/S207908641904008X
Sinitsyna T. A., Herden T., Friesen N. 2016. Dated phylogeny and biogeography of the Eurasian Allium section Rhizirideum (Amaryllidaceae). Plant Syst. Evol. 302(9): 1311–1328. DOI: 10.1007/s00606-016-1333-3
Smirnov S., Skaptsov M., Shmakov A., Fritsch R., Friesen N. 2017. Spontaneous hybridization among Allium tulipifolium and A. robustum (Allium subg. Melanocrommyum, Amaryllidaceae) under cultivation. Phytotaxa 303(2): 155–164. DOI: 10.11646/phytotaxa.303.2.5
Taberlet P., Coissac E., Pompanon F., Gielly L., Miquel C., Valentini A. 2007. Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding. Nucleic Acids Res. 35, e14. DOI: 10.1093/nar/gkl938
Taylor H. R., Harris W. E. 2012. An emergent science on the brink of irrelevance: A review of the past 8 years of DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 12: 377–388. DOI: 10.1111/j.1755-0998.2012.03119.x
Vaganov A. V., Shmakov A. I., Gudkova P. D. 2019. Global data on biodiversity of the Altai mountain country, presented in the world's scientific depositories. Acta Biologica Sibirica 5(2): 95–101. DOI: 0.14258/abs.v5.i2.5937
Vaganov A. V., Shmakov A. I., Smirnov S. V., Usik N. A., Shibanova A. A., Kechaykin A. A., Kosachev P. A., Kopytina T. M., Zholnerova E. A., Medvedeva K. E., Zaikov V. F., Sinitsyna T. A., Shalimov A. P., Antonyuk E. V., Gudkova P. D., Dmitriev D. A., Batkin A. A., Kasatkin D. E., Belkin D. L. 2021. Virtual Herbarium ALTB: collection of vascular plants of the Altai Mountain Country. Biodiversity Data Journal 9: e67616.
Vaganov A. V., Sinitsyna T. A., Kutsev M. G., Zholnerova E. A., Kechaykin A. A., Kosachev P. A., Smirnov S. V., Shmakov A. I. 2022. DNA barcodes of the vascular flora of the Altai Mountain Country: type material of the Herbarium ALTB. Version 1.2. Altai State University. Occurrence dataset (accessed via GBIF.org on 2022-11-22). DOI: 10.15468/gtxnbz
Vu H., Le L. 2019. Bioinformatics analysis on DNA barcode sequences for species identification: a review. Annu. Res. Rev. Biol. 34(1): 1–12.
Yao H., Song J., Liu C., Luo K., Han J., Li Y., Pang X., Xu H., Zhu Y., Xiao P., Chen S. 2010. Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals. PLoS ONE 5(10): e13102. DOI: 10.1371/journal.pone.0013102
Опубликован
2022-11-30
Как цитировать
Ваганов А. В., Синицына Т. А., Куцев М. Г., Скапцов М. В., Жолнерова Е. А., Косачев П. А., Кечайкин А. А., Смирнов С. В., Шмаков А. И. ДНК-штрихкоды сосудистых растений флоры Алтайской горной страны: типовой материал Гербария ALTB // Turczaninowia, 2022. Т. 25, № 4. С. 5-11 DOI: 10.14258/turczaninowia.25.4.1. URL: http://turczaninowia.asu.ru/article/view/12179.
Раздел
Научные статьи

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)

<< < 1 2 3 4 > >>