Новые находки цианобактерий и водорослей для территории России и российского Дальнего Востока. Часть 2
УДК 582.232.7+582.263:581.95(571.621+571.63+571.64)
Аннотация
Статья является продолжением серии, посвящённой находкам новых таксонов цианобактерий и водорослей для территории России и российского Дальнего Востока. С использованием комплексного подхода в пробах с архитектурных сооружений г. Владивостока и почв из Еврейской автономной и Сахалинской областей идентифицированы три таксона: Inacoccus carmineus (Cyanobacteria) – новый для России; Pseudochlorella pringsheimii и Pseudomuriella schumacherensis (Chlorophyta) – новые для РДВ. Дана краткая характеристика морфологии исследованных изолятов и общего распространения таксонов.
Скачивания
Литература
Аллагуватова Р. З., Никулин А. Ю., Никулин В. Ю., Багмет В. Б., Шохрина В. В., Стерлягова А. С., Гайсина Л. А., Абдуллин Ш. Р. Новые данные о цианобактериях и водорослях Дальнего Востока России // Биота и среда природных территорий, 2021. Т. 9, № 2. С. 3–14. https://doi.org/10.37102/2782-1978_2021_2_1
Andersen R. A. 2005. Algal Culturing Techniques. New York: Elsevier Academic Press. 578 pp.
Андреева В. М. Почвенные и аэрофильные зелёные водоросли (Chlorophyta: Tetrasporales, Chlorococcales, Chlorosarcinales). СПб.: Наука, 1998. 351 с.
Андреева В. М., Чаплыгина О. Я. Почвенные хлорококковые и хлоросарциновые водоросли Лазовского заповедника (Приморский край) // Новости сист. низш. раст., 1989. Т. 26. С. 7–17.
Bagmet V. B., Nikulin A. Yu., Nikulin V. Yu., Gontcharov A. A., Abdullin Sh. R. 2024. Morphology, molecular genetics and features of the life cycle of three species of Luticola D. G. Mann (Bacillariophyceae) from the Russian Far East. Russ. J. Dev. Biol. 55(4): 171–185. https://doi.org/10.1134/S1062360424700164
Bohunická M., Johansen J. R., Villanueva C. D., Mareš J., Štenclová L., Becerra-Absalón I., Hauer T., Kaštovský J. 2024. Revision of the pantropical genus Brasilonema (Nostocales, Cyanobacteria), with the description of 24 species new to science. Fottea 24(2): 137–184. https://doi.org/10.5507/fot.2024.002
Darienko T., Gustavs L., Mudimu O., Menendez C. R., Schumann R., Karsten U., Friedl T., Pröschold T. 2010. Chloroidium, a common terrestrial coccoid green alga previously assigned to Chlorella (Trebouxiophyceae, Chlorophyta). Eur. J. Phycol. 45(1): 79–95. https://doi.org/10.1080/09670260903362820
Darienko T., Gustavs L., Pröschold T. 2016. Species concept and nomenclatural changes within the genera Elliptochloris and Pseudochlorella (Trebouxiophyceae) based on an integrative approach. J. Phycol. 52(6): 1125–1145. https://doi.org/10.1111/jpy.12481
Darienko T., Pröschold T. 2017. Toward a monograph of non-marine Ulvophyceae using an integrative approach (Molecular phylogeny and systematics of terrestrial Ulvophyceae. II). Phytotaxa 324(1): 1–41.
Давыдов Д. А., Редькина В. В. Водоросли и цианопрокариоты на участках самозарастания золошлакоотвалов ТЭЦ города Апатиты (Мурманская область) // Труды Карельского научного центра РАН, 2021. № 1. С. 51–68. https://doi.org/10.17076/bg1270
Davydov D., Vilnet A. 2024. Inacoccus terrestris sp. nov. (Chroococcaceae), a new cyanobacterium from soil of the European Russian Subarctic. Phycologia 63(2): 235–244 https://doi.org/10.1080/00318884.2024.2317419
Егорова И. Н., Тупикова Г. С., Шергина О. В., Казановский С. Г. Почвенные водоросли и цианопрокариоты степных сообществ Байкальской котловины // Теор. и приклад. экол., 2024. № 3. С. 172–184. https://doi.org/10.25750/1995-4301-2024-3-172-184
Ettl H., Gärtner G. 1995. Syllabus der Boden-, Luft- und Flechtenalgen . Stuttgart: Gustav Fischer. 721 pp.
Fučíková K., Flechtner V. R., Lewis L. A. 2012. Revision of the genus Bracteacoccus Tereg (Chlorophyceae, Chlorophyta) based on a phylogenetic approach. Nova Hedwigia 96: 15–59. https://doi.org/10.1127/0029-5035/2012/0067
Fučíková K., Rada J. C., Lewis L. A. 2011a. The tangled taxonomic history of Dictyococcus, Bracteacoccus and Pseudomuriella (Chlorophyceae, Chlorophyta) and their distinction based on a phylogenetic perspective. Phycologia 50(4): 422–429. https://doi.org/10.2216/10-69.1
Fučíková K., Rada J. C., Lukešová A., Lewis L. A. 2011b. Cryptic diversity within the genus Pseudomuriella Hanagata (Chlorophyta, Chlorophyceae, Sphaeropleales) assessed using four barcode markers. Nova Hedwigia 93: 29–46. https://doi.org/10.1127/0029-5035/2011/0093-0029
Galtier N., Gouy M., Gautier C. 1996. Seaview and phylo-win: two graphic tools for sequence alignment and molecular phylogeny. CABIOS 12: 543–548. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/12.6.543
Gama W. A., Rigonato J., Fiore M. F., Sant’Anna C. L. 2019. New insights into Chroococcus (Cyanobacteria) and two related genera: Cryptococcum gen. nov. and Inacoccus gen. nov. Eur. J. Phycol. 54(3): 315–325. https://doi.org/10.1080/09670262.2018.1563913
Gontcharov A. A., Nikulin A. Y., Nikulin V. Y., Allaguvatova R. Z., Bagmet V. B., Abdullin Sh. R. 2022. Ulosarcina terrestrica gen. nov., sp. nov., a new ulvophycean sarcinoid alga from the Russian Far East. Plants 11(23): 3228. https://doi.org/10.3390/plants11233228
Guiry M. D., Guiry G. M. 2025. AlgaeBase. World-wide electronic publication. Galway: National University of Ireland. URL: http://www.algaebase.org (Accessed 16 January 2025).
Huelsenbeck J. P., Ronquist F. 2001. MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics 17: 754–755. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754
Ильчибаева К. В., Кунсбаева Д. Ф., Аллагуватова Р. З. Фазлутдинова А. И., Полохин О. В., Сибирина Л. А., Гончаров А. А., Синх Р., Гайсина Л. А. Предварительные сведения о водорослях и цианобактериях вулканических почв Курильских островов // Теор. и приклад. экол., 2018. № 4. С. 119–126. https://doi.org/10.25750/1995-4301-2018-4-119-126
Jung P., Mikhailyuk T., Emrich D., Baumann K., Dultz S., Büdel B. 2020. Shifting boundaries: Ecological and geographical range extension based on three new species in the cyanobacterial genera Cyanocohniella, Oculatella, and Aliterella. J. Phycol. 56(5): 1216–1231. https://doi.org/10.1111/jpy.13025
Komárek J., Anagnostidis K. 1998. Süsswasserflora von Mitteleuropa . Bd. 19. Cyanoprokaryota. Teil 1. Chroococcales. Jena: Gustav Fischer. 548 pp.
Костиков И. Ю. Почвенные водоросли Лазовского заповедника (Дальний Восток, Россия) // Альгология, 1993. Т. 3, № 1. С. 62–66.
Костиков И. Ю. Альгогруппировки некоторых почв Уссурийского заповедника (Приморский край, Россия) // Альгология, 1994. Т. 4, № 4. С. 40–44.
Кузяхметов Г. Г., Дубовик И. Е. Методы изучения почвенных водорослей. Уфа: РИО БашГУ, 2001. 56 c.
Malavin S., Shmakova L. 2020. Microeukaryotes in metagenomic survey of ancient Siberian permafrost. Institute of physicochemical and biological problems in soil science of the Russian Academy of Sciences. In: GBIF Secretariat. GBIF Backbone Taxonomy. Sampling event dataset https://doi.org/10.15468/wtkvuu accessed via GBIF.org on 2025-01-08.
McFadden G. I., Melkonian M. 1986. Use of Hepes buffer for microalgal culture media and fixation for electron microscopy. Phycologia 25, 4: 551–557. https://doi.org/10.2216/i0031-8884-25-4-551.1
Mikhailyuk T., Glaser K., Tsarenko P., Demchenko E., Karsten U. 2019. Composition of biological soil crusts from sand dunes of the Baltic Sea coast in the context of an integrative approach to the taxonomy of microalgae and cyanobacteria. Eur. J. Phycol. 54(3): 263–290. https://doi.org/10.1080/09670262.2018.1557257
Minh B. Q., Nguyen M. A. T., von Haeseler A. 2013. Ultrafast approximation for phylogenetic bootstrap. Mol. Biol. Evol. 30(5): 1188–1195. https://doi.org/10.1093/molbev/mst024
NCBI Blast [2025]. National Center for Biotechnology Information. Basic Local Alignment Search Tool. Kew: National Library of Medicine, Rockville Pike Bethesda, USA. URL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (Accessed 15 January 2025).
Никулин А. Ю., Никулин В. Ю., Багмет В. Б., Аллагуватова Р. З., Абдуллин Ш. Р. Новые данные о цианобактериях и водорослях Дальнего Востока России. Часть II // Биота и среда природных территорий, 2022. Т. 10, № 4. С. 5–15. https://doi.org/10.25221/2782-1978_2022_4_1
Никулин А. Ю., Никулин В. Ю., Багмет В. Б., Сущенко Р. З., Абдуллин Ш. Р. Новые находки цианобактерий и водорослей для территории России и российского Дальнего Востока // Turczaninowia, 2024. Т. 27, № 2. С. 105–118. https://doi.org/10.14258/turczaninowia.27.2.11
Новичкова-Иванова Л. Н. Почвенные водоросли подзоны широколиственно-хвойных лесов Амуро-Зейского междуречья // Амурская тайга: (Комплексные ботанические исследования). Л.: Наука, 1969. С. 127–153.
Патова Е. Н., Давыдов Д. А., Андреева В. М. Цианопрокариоты и водоросли // Растения и грибы полярных пустынь северного полушария. Под ред. Матвеевой Н. В. СПб.: МАРАФОН, 2015. С. 133–166.
Punčochářová M. 1994. A taxonomic study of two Chlorella strains. Arch. Protistenkd. 144(3): 237–247. https://doi.org/10.1016/S0003-9365(11)80135-1
Rambaut A. 2018. FigTree v.1.4.4. URL: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ (Accessed 07 January 2025).
Rambaut A., Drummond A. J., Xie D., Baele G., Suchard M. A. 2018. Posterior summarisation in Bayesian phylogenetics using Tracer 1.7. Syst. Biol. 67: 901–904. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032
Ribeiro K. F., Duarte L., Crossetti L. O. 2018. Everything is not everywhere: a tale on the biogeography of cyanobacteria. Hydrobiologia 820: 23–48. https://doi.org/10.1007/s10750-018-3669-x
Sharma N. K., Rai A. K. 2011. Biodiversity and biogeography of microalgae: progress and pitfalls. Environ. Rev. 19: 1–15. https://doi.org/10.1139/a10-020
Sommer V., Mikhailyuk T., Glaser K., Karsten U. 2020. Uncovering unique green algae and cyanobacteria isolated from biocrusts in highly saline potash tailing pile habitats, using an integrative approach. Microorganisms 8(11): 1667. https://doi.org/10.3390/microorganisms8111667
Sushchenko R. Z., Nikulin V. Yu., Bagmet V. B., Nikulin A. Yu. 2024. Molecular genetic and morphological characteristics of Micractinium thermotolerans and M. inermum (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) from pyroclastic deposits of the Kamchatka Peninsula (Russia). Vavilov Journal of Genetics and Breeding 28, 7: 706–715. https://doi.org/10.18699/vjgb-24-79
Trifinopoulos J., Nguyen L.-T., von Haeseler A., Minh B. Q. 2016. W-IQ-TREE: a fast online phylogenetic tool for maximum likelihood analysis. Nucleic Acids Res. 44(W1): W232–W235, https://doi.org/10.1093/nar/gkw256
Veen A., Hof C. H. J., Kouwets F. A. C. Berkhout T. 2015. Rijkswaterstaat Waterdienst, Informatiehuis Water [Taxa Watermanagement the Netherlands (TWN)]. URL: http://ipt.nlbif.nl/ipt/resource?r=checklist-twn (Accessed 28 December 2024).
Vodorosli. Spravochnik [Algae. A Handbook]. 1989. S. P. Vasser, N. V. Kondrateva, N. P. Masyuk et al. (comp.). Kiev: Naukova dumka. 608 pp. [In Russian] (Водоросли. Справочник. Сост. С. П. Вассер , Н. В. Кондратьева , Н. П. Масюк и др. Киев: Наук. думка, 1989. 608 с.).
Wang Y., Jia N., Geng R., Yu G. Li R. 2021. Phylogenetic insights into Chroococcus-like taxa (Chroococcales, Cyanobacteria), describing Cryptochroococcus tibeticus gen. nov. and Limnococcus fonticola sp. nov. from Qinghai-Tibet Plateau. J. Phycol. 57: 1739–1748. https://doi.org/10.1111/jpy.13205
Yakimovich K. M., Gauthier N. P., Engstrom C. B., Leya T., Quarmby L. M. 2021. A molecular analysis of microalgae from around the globe to revise Raphidonema (Trebouxiophyceae, Chlorophyta). J. Phycol. 57(5): 1419–1432. https://doi.org/10.1111/jpy.13183
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
