Полная последовательность хлоропластного генома Vitis vinifera ‘Красностоп Золотовский’, автохтонного сорта из долины Дона
УДК 582.783.2+575.113(282.247.36)
Аннотация
Данные о ДНК-последовательностях полных хлоропластных геномов расширяют наше представление о разнообразии растений и способствуют пониманию эволюционных взаимоотношений между видами. Сборка de novo и аннотация геномов хлоропластов растений затруднены из-за большого количества повторов и небольшого количества хлоропластных последовательностей ДНК растений в международных базах данных. Разработка платформ для секвенирования с длинными чтениями, таких как PacBio и Oxford Nanopore, а также специализированных ассемблеров упрощает процесс сборки и аннотирования больших кольцевых молекул. В данной работе приводится полный геном хлоропласта автохтонного сорта винограда Vitis vinifera ‘Красностоп Золотовский’ из долины Дона, полученный de novo методом гибридной сборки с использованием коротких и длинных чтений ДНК. Кольцевой геном хлоропласта имеет длину 160927 пар оснований с соотношением GC 37,38 %. Геном состоит из четырех субрегионов: большой области с одной копией (LSC) длиной 71946 п. н., небольшой области с одной копией (SSC) длиной 36273 п. н. и двух областей инвертированных повторов (IR) длиной 26354 п. н. каждая. Хлоропластный геном сорта V. vinifera ‘Красностоп Золотовский’ содержит 129 генов, в том числе 84 гена, кодирующих белки, 8 генов рРНК и 37 генов тРНК. Также проведён филогенетический анализ на основе всех имеющихся в базах данных полных последовательностей хлоропластных геномов винограда, который показал, что V. vinifera ‘Красностоп Золотовский’ не имеет прямого происхождения ни от одного европейского сорта.
Скачивания
Metrics
Литература
Ballas M. 1877. Essay on Winemaking in Russia (The Caucasus and Crimea). Historical and Statistics Collection on Winemaking 1: 137–138.
Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A., Dvorkin M., Kulikov A., et al. 2012. SPAdes: A new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Computat. Biol. 19(5): 455 477. DOI: 10.1089/cmb.2012.0021
Chen S., Zhou Y., Chen Y., Gu J. 2018. Fastp: An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics 34(17): i884–i890. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty560
Fedosov D. Y., Korzhenkov A. A., Petrova K. O., Sapsay A. O., Sharko F. S., Toshchakov S. V., Kolosova A. A., Bakhmutova E. D., Patrushev M. V. 2021. SNP-based analysis reveals authenticity and genetic similarity of Russian indigenous Vitis vinifera grape cultivars. Plants 10(12): 1–12. DOI: 10.3390/plants10122696
Greiner S., Lehwark P., Bock R. 2019. OrganellarGenomeDRAW (OGDRAW) Version 1.3.1: Expanded toolkit for the graphical visualization of organellar genomes. Nucl. Acids Res. 47(W1): W59–W64. DOI: 10.1093/nar/gkz238
Guo L., Guo S., Wang C., Guo D. 2020a. The complete chloroplast genome sequence of Vitis vinifera ‘Feng Zao’. Mitochondrial DNA Part B 5(2):1789–1790. DOI: 10.1080/23802359.2020.1749167
Guo L., Wang C., Guo S., Guo D. 2020b. The complete chloroplast genome sequence of Vitis vinifera ‘Kyoho’. Mitochondrial DNA Part B 5(2): 1787–1788. DOI: 10.1080/23802359.2020.1749166
Jansen R., Kaittanis C., Saski C., Lee S., Tomkins J., Alverson A., Daniell H. 2006. Phylogenetic analyses of Vitis (Vitaceae) based on complete chloroplast genome sequences: Effects of taxon sampling and phylogenetic methods on resolving relationships among Rosids. BMC Evolutionary Biology 6(April): 32. DOI: 10.1186/1471-2148-6-32
Katoh K., Rozewicki J., Yamada K. 2019. MAFFT online service: Multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization. Briefings in Bioinformatics 20(4): bbx108. DOI: 10.1093/bib/bbx108
Labagnara T., Bergamini C., Caputo A., Cirigliano P. 2018. Vitis vinifera L. germplasm diversity: A genetic and ampelometric study in ancient vineyards in the South of Basilicata region (Italy). VITIS – Journal of Grapevine Research 57: 1–8 DOI: 10.5073/vitis.2018.57.1-8
Letunic I., Bork P. 2019. Interactive tree of Life (ITOL) v4: Recent updates and new developments. Nucl. Acids Res. 47(W1): W256–W259. DOI: 10.1093/nar/gkz239
Pipia I., Roma L., Tabidze V. 2019. Annotation of whole-plastid genomes of wild grapes (Vitis vinifera subsp. sylvestris) from the South Caucasus, Europe and the Mediterranean Basin. Acta Hort. 1248(August): 235–240. DOI: 10.17660/ActaHortic.2019.1248.34
Robinson J., Harding J., Vouillamoz J. 2013. Wine grapes: a complete guide to 1,368 vine varieties, including their origins and flavours. Penguin UK. DOI: 10.1017/jwe.2013.9
Sandra Lo Piccolo 2012. A simple and rapid DNA extraction method from leaves of grapevine suitable for polymerase chain reaction analysis. African J. Biotechnol. 11(45): 10305–10309. DOI: 10.5897/AJB11.3023
Sharko F., Gladysheva-Azgari M., Tsygankova S., Mitrofanova I., Boulygina E., Slobodova N., Smykov A., Rastorguev S., Nedoluzhko A. 2021. The complete chloroplast genome sequence of cultivated Prunus persica cv. ‘Sovetskiy’. Mitochondrial DNA. Part B, Resources 6(10): 2882–2883. DOI: 10.1080/23802359.2021.1972861
Stamatakis A. 2015. Using RAxML to infer phylogenies. Current Protocols in Bioinformatics 51(September): 6.14.1-6.14.14. DOI: 10.1002/0471250953.bi0614s51
Wen J., Harris A., Kalburgi Y., Zhang N., Xu Y., Zheng W., Ickert-Bond S., Johnson G., Zimmer E. 2018. Chloroplast phylogenomics of the New World grape species (Vitis, Vitaceae). J. Syst. Evol. 56(4): 297–308. DOI: 10.1111/jse.12447
Wu Y., Zhang W., Song S., Xu W., Zhang C., Ma C., Wang L., Wang S. 2020. Evolution of volatile compounds during the development of Muscat grape ‘Shine Muscat’ (Vitis labrusca × V. vinifera). Food Chemistry 309(March): 125778. DOI: 10.1016/j.foodchem.2019.125778
Zhang L., Guo D., Liu M., Dou F., Ren Y., Li D., et al. 2021. The complete chloroplast genome sequence of Vitis vinifera × Vitis labrusca ‘Shenhua’. Mitochondrial DNA. Part B, Resources 6(1): 166–167. DOI: 10.1080/23802359.2020.1855605
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
