ДНК-цитометрия изображений в исследовании растений: обзор
УДК 58.086+576.08+57.086.88
Аннотация
В обзоре основное внимание уделено цитометрии изображений растительных клеток, используемой для установления уровней плоидности и размера генома растений. Представлены примеры основных исследований растений с применением метода анализа статических изображений ядер, используемые красители, методы пробоподготовки, анализа данных, используемое лабораторное оборудование и программное обеспечение. Также приводятся области применения цитометрии изображений в исследовании сосудистых растений. Немаловажным параметром любого метода является воспроизводимость и сравнительные характеристики относительно других методов. В статье приводится сравнение абсолютных значений измерений размера геномов растений, произведенных методами цитометрии изображений и проточной цитометрии, а также необходимые минимальные параметры, обеспечивающие точность измерений и ограничения метода. Обзор будет полезен при планировании эксперимента по анализу содержания ДНК без использования дорогостоящего оборудования – проточных цитометров, а только на основе данных оптической или флуоресцентной микроскопии.
Скачивания
Metrics
Литература
Allalou A., Wählby C. 2009. BlobFinder, a tool for fluorescence microscopy image cytometry. Comput Methods Programs Biomed. 94(1): 58–65. DOI: 10.1016/j.cmpb.2008.08.006
Aslan M. K., Ding Y., Stavrakis S., Demello A. J. 2023. Smartphone imaging flow cytometry for high-throughput single-cell analysis. Anal. Chem. 95(39): 14526–14532.
Ascari L., Novara C., Dusio V., Oddi L., Siniscalco C. 2020. Quantitative methods in microscopy to assess pollen viability in different plant taxa. Plant Reprod. 33(3–4): 205–219.
Baranyi M., Greilhuber J. 1999. Genome size in Allium: in quest of reproducible data. Ann. Bot. Fenn. 83: 687–695.
Benchaib M., Delorme R., Bryon P. A., Souchier C. 1996. Fluorescence image cytometry of DNA content: a comparative study of three fluorochromes and four fixation protocols. In: Fluorescence microscopy and fluorescent probes. Boston, MA: Springer US. Pp. 197–201.
Bennett M. D., Leitch I. J., Price H. J., Johnston J. S. 2003. Comparisons with Caenorhabditis (100 Mb) and Drosophila ( 175 Mb) using flow cytometry show genome size in Arabidopsis to be 157 Mb and thus 25% larger than the Arabidopsis genome initiative estimate of 125 Mb. Ann. bot. 91(5): 547–557.
Bennett M. D., Smith J. B. 1976. Nuclear DNA amounts in angiosperms. Philos. Trans. R. Soc. B. 274(933): 227–274.
Besse L., Rumiac T., Reynaud-Angelin A., Messaoudi C., Soler M. N., Lambert S. A., Pennaneach V. 2023. Protocol for automated multivariate quantitative-image-based cytometry analysis by fluorescence microscopy of asynchronous adherent cells. STAR protocols 4(3): 102446. DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102446
Bhosale R., Boudolf V., Cuevas F., Lu R., Eekhout T., Hu, Z., De Veylder L. 2018. A spatiotemporal DNA endoploidy map of the Arabidopsis root reveals roles for the endocycle in root development and stress adaptation. Plant Cell 30(10): 2330–2351.
Bourdon M., Coriton O., Pirrello J., Cheniclet C., Brown S.C., Poujol C., Chevalier C., Renaudin J. P., Frangne N. 2011. In planta quantification of endoreduplication using fluorescent in situ hybridization (FISH). Plant J. 66: 1089–1099.
Caceres M. E., Pupilli F., Quarín C. L., Arcioni S. 1999. Feulgen-DNA densitometry of embryo sacs permits discrimination between sexual and apomictic plants in Paspalum simplex. Euphytica 110(3): 161–167.
Carotenuto G., Sciascia I., Oddi L. 2019. Size matters: three methods for estimating nuclear size in mycorrhizal roots of Medicago truncatula by image analysis. BMC Plant Biol. 19: 180. DOI: 10.1186/s12870-019-1791-1
Carvalho C. R., Clarindo W. R., Abreu I. S. 2011. Image cytometry: nuclear and chromosomal DNA quantification. In: H. Chiarini-Garcia, R. C. N. Melo (eds.). Light microscopy. Methods Mol. Bio. Vol. 689. New York: Humana Press, c/o Springer Science+Business Media, LLC. Pp. 51–68.
Čertnerová D. 2021. Meet the challenges of analyzing small genomes using flow cytometry. Cytometry: 1–3.
Cheng S., Fu S., Kim Y. M., Song W., Li Y., Xue Y., Tian L. 2021. Single-cell cytometry via multiplexed fluorescence prediction by label-free reflectance microscopy. Sci. Adv. 7(3): eabe0431.
Chiarini-Garcia H., Melo R. C. N. (eds.). 2011. Light Microscopy. Methods in Mol. Biol. Vol. 689. New York: Humana Press, c/o Springer Science+Business Media, LLC. 244 pp.
Chieco P., Jonker A., Van Noorden C. J. F. 2001. Image Cytometry. Microscopy Handbooks 46. Springer: New York. 116 pp.
Dao D., Fraser A. N., Hung J., Ljosa V., Singh S., Carpenter A. E. 2016. Cell Profiler analyst: interactive data exploration, analysis and classification of large biological image sets. Bioinformatics 32: 3210–3212.
Didenko V. V. 2017. Fast detection of DNA damage: methods and protocols. New York: Springer. 216 pp.
Diebold E. D., Buckley B. W., Gossett D. R., Jalali B. 2013. Digitally synthesized beat frequency multiplexing for sub-millisecond fluorescence microscopy. Nat. Photonics 7(10): 806–810.
Dolezel J., Greilhuber J., Suda J. 2007. Flow cytometry with plant cells: analysis of genes, chromosomes and genomes. Weinheim: John Wiley & Sons: 455.
Doležel J., Sgorbati S., Lucretti S. 1992. Comparison of three DNA fluorochromes for flow cytometric estimation of nuclear DNA content in plants. Physiol. Plant. 85(4): 625–631.
Ernst L. G. 1994. MPV microscope photometer with measuring diaphragm. Germany: User manual. 16 pp.
Feulgen R., Rossenbeck H. 1924. Mikroskopisch-chemischer Nachweis einer Nucleinsaure vom Typus der Thymonucleinsaure und die-darauf beruhende elektive Farbung von Zellkernen in mikroskopischen Praparat. Z. Phys. Chem. 135: 203–248. DOI: 10.1515/bchm2.1924.135.5-6.203
Fontenete S., Carvalho D., Lourenço A., Guimarães N., Madureira P., Figueiredo C., Azevedo N. F. 2016. FISHji: New ImageJ macros for the quantification of fluorescence in epifluorescence images. Biochem. Eng. J. 112: 61–69.
Frossasco A., Trenchi A., Urdampilleta J. D. 2015. Estimación del tamaño del genoma en especies de la tribu Cestreae (Solanaceae) mediante citometría de imagen. Bol. Soc. Argent Bot. 50(3): 353–360.
Глушен С. В., Павлова И. В., Коломиец О. О., Белокурская Е. Н. 2013. Экспресс-метод определения плоидности томатов // Актуальные проблемы изучения и сохранения фито- и микобиоты: сб. ст. II-й междунар. науч.-практ. конф. (Минск, 12–14 ноября 2013 г.). Минск: Изд. центр БГУ, 2013. С. 393–396.
Gregory T. R. 2001. The bigger the C-value, the larger the cell: genome size and red blood cell size in vertebrates. Blood Cell Mol. Dis. 27: 830–843.
Gregory T. R. 2003. Genome size estimates for two important freshwater molluscs, the zebra mussel (Dreissena polymorpha) and the schistosomiasis vector snail (Biomphalaria glabrata). Genome 46: 841–844.
Greilhuber J. 2008. Cytochemistry and C-values: the less-well-known world of nuclear DNA amounts. Ann. Bot. Fenn. 101: 791 804.
Greilhuber J., Doležel J., Lysák M., Bennett M.D. 2005. The origin, evolution, and proposed stabilization of the terms ‘genome size’ and ‘C-value’ to describe nuclear DNA contents. Ann. Bot. Fenn. 95: 255–260.
Greilhuber J., Ebert I. 1994. Genome size variation in Pisum sativum. Genome 37: 646–655.
Greilhuber J., Obermayer R. 1997. Genome size and maturity group in Glycine max (soybean). Heredity 78(5): 547–551.
Heitkam T., Garcia S. 2023. Plant cytogenetics and cytogenomics. Springer Nature: 306.
Hof J. V. 1965. Relationships between mitotic cycle duration, S period duration and the average rate of DNA synthesis in the root meristem cells of several plants. Exp. Cell Res. 39(1): 48–58. DOI: 10.1016/0014-4827(65)90006-6. PMID: 5831250
Jónás V. Z., Paulik R., Kozlovszky M., Molnár B. 2022. Calibration-aimed comparison of image-cytometry-and flow-cytometry-based approaches of ploidy analysis. Sensors 22(18): 6952.
Kajstura M., Halicka H. D., Pryjma J., Darzynkiewicz Z. 2007. Discontinuous fragmentation of nuclear DNA during apoptosis revealed by discrete “sub-G1” peaks on DNA content histograms. Cytometry 71: 125–131.
Katagiri Y., Hasegawa J., Fujikura U., Hoshino R., Matsunaga S., Tsukaya H. 2016. The coordination of ploidy and cell size differs between cell layers in leaves. Development 143(7): 1120–1125.
Kennedy K. M. 2022. The rapid enumeration of a mixed culture of S. cerevisiae and L. plantarum in beer using image-based cytometry. Electronic Theses and Dissertations: 3634. URL: https://digitalcommons.library.umaine.edu/etd/3634
Коломиец О. О., Глушен С. В. Факторы, влияющие на измерение ДНК методом статической цитометрии // Строение организма человека и животных в норме, патологии и эксперименте: Сб. науч. работ, посвящ. 85-летию со дня рождения проф. А. С. Леонтюка. Под ред. Т. М. Студеникиной, И. А. Мельникова, В. С. Гайдука. Минск: Изд-во Белорус. гос. мед. ун-та, 2017. С. 290–294.
Коломиец O. O., Глушен C. В. Суточный ритм роста листьев и пролиферации клеток у перца стручкового (Capsicum annuum L.) // Известия Национальной академии наук Беларуси. Серия биологических наук, 2019. Т. 64, № 4. С. 448–455.
Коломиец О. О., Павлова И. В., Глушен С. В. 2015. Цитометрический анализ плоидности и пролиферации клеток у растущих in vitro линий овощных культур // Труды Белорусского государственного университета. Серия: Физиологические, биохимические и молекулярные основы функционирования биосистем, 2015. Т. 10, № 1. С. 116–121.
Колтунова А. М., Панарин Р. Н., Уварова О. В., Куцев М. Г. Приложение BIODECOD для ДНК-цитометрии растений на основе анализа изображений // Идеи Н. В. Павлова глазами нового поколения ботаников: Тезисы докладов международной научно-практической конференции молодых ученых (г. Алматы, 25–27 сентября 2024 г.). Алматы: Институт ботаники и фитоинтродукции, 2024). [In Press]
Kron P., Husband B. C. 2012. Using flow cytometry to estimate pollen DNA content: improved methodology and applications. Ann. bot. 110(5): 1067–1078.
Kuksin D., Kuksin C. A., Qiu J., Chan L. L. 2016. Cellometer image cytometry as a complementary tool to flow cytometry for verifying gated cell populations. Anal. Biochem. 503: 1–7.
Lacerda M. M., Silva J. C., Vieira A. T., Clarindo W. R. 2019. Cytogenetic characterization of Passiflora megacoriacea K. Port. Utl. employing image cytometry. Cytologia 84(4): 353–357.
Lavrekha V. V., Pasternak T., Ivanov V. B., Palme K., Mironova V. V. 2017. 3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and diarch symmetry in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem. Plant J. 92: 834–845.
Leitch I. J., Johnston E., Pellicer J., Hidalgo O., Bennett M. D. 2019. Plant DNA C-values Database. Release 7.1. URL: https://cvalues.science.kew.org/
Levi M., Tarquini F., Sgorbati S., Sparvoli E. 1986. Determination of DNA content by static cytofluorimetry in nuclei released from fixed plant tissue. Protoplasma 132: 64–68.
Loureiro J., Rodriguez E., Dolezel J., Santos C. 2007. Two new nuclear isolation buffers for plant DNA flow cytometry: a test with 37 species. Ann. Bot. 100: 875–888.
Maciorowski Z., Veilleux C., Gibaud A., Bourgeois C. A., Klijanienko J., Boenders J., Vielh P. 1997. Comparison of fixation procedures for fluorescent quantitation of DNA content using image cytometry. Cytom.: J. Int. Soc. Anal. Cytol.28(2): 123–129.
Martín-Martín R. P., Salvador-Soler N., Lluch J. R., Garreta A. G. 2023. Nuclear DNA content estimation of seaweed by fluorimetry analysis. In: Plant Cytogenetics and Cytogenomics: Methods and Protocols. New York, NY: Springer US. Pp. 65 77.
Mascagni F., Barghini E., Ceccarelli M., Baldoni L., Trapero C., Díez C. M., Giordani T. 2022. The singular evolution of Olea genome structure. Front. Plant Sci. 13: 869048.
McQuin C., Goodman A., Chernyshev V., Kamentsky L., Cimini B. A., Karhohs K. W., Doan M., Ding L., Rafelski S. M., Thirstrup D. 2018. Cell Profiler 3.0: Next-generation image processing for biology. PLoS Biol 16: 1–17.
Mello M. L., de Campos V. B. 2017. The Feulgen reaction: A brief review and new perspectives. Acta Histochem. 119(6): 603–609.
Munoz H. E. 2020. Physical phenotyping of neutrophil NETosis using fluorescence-imaging deformability cytometry. A dissertation submitted in partial satisfaction of the requirements for the degree Doctor of Philosophy in Bioengineering. Los Angeles: University of California. 157 pp.
Nagaki K., Furuta T., Yamaji N., Kuniyoshi D., Ishihara M., Kishima Y., Takatsuka H. 2021. Effectiveness of Create ML in microscopy image classifications: A simple and inexpensive deep learning pipeline for non-data scientists. Chromosome Res. 29: 361–371.
Oberhammer F., Wilson J. W., Dive C., Morris I. D., Hickman J. A., Wakeling A. E., Walker P. R., Sikorska M. 1993. Apoptotic death in epithelial cells: cleavage of DNA to 300 and 50 kb fragments prior to or in the absence of internucleosomal degradation of DNA. EMBO J. 12: 3679–3684.
Oliveira S. C. 2017. Origin of the allotriploid “Híbrido de Timor” through a karyotype comparison with its Coffea ancestors. Tese apresentada à Universidade Federal do Espírito Santo, como parte das exigências do Programa de PósGraduação em Genética e Melhoramento, para obtenção do título de Doctor Scientiae. Brasil: Espírito Santo. 60 pp.
Pasternak T., Haser T., Falk T., Ronneberger O., Palme K., Otten L. 2017. A 3D digital atlas of the Nicotiana tabacum root tip and its use to investigate changes in the root apical meristem induced by the Agrobacterium 6b oncogene. Plant J. 92: 31–42.
Pektas Z. O., Keskin A., Ömer G., Karslioglu Y. 2006. Evaluation of nuclear ˘ morphometry and DNA ploidy status for detection of malignant and premalignant oral lesions: quantitative cytologic assessment and review of methods for cytomorphometric measurements. J. Oral Maxillofac. Surg. 64: 628–635.
Пичугин Ю. Г., Семьянов К. А., Чернышев А. В., Пальчикова И. Г., Омельянчук Л. В., Мальцев В. П. Особенности цитометрических методов определения содержания ДНК в ядре // Цитология, 2012. Т. 54, № 2. С. 185–190.
Pozarowski P., Holden E., Darzynkiewicz Z. 2013. Laser scanning cytometry: principles and applications. An update. Methods Mol. Biol. 913:187–212.
Praça-Fontes M. M., Carvalho C. R., Clarindo W. R. 2011a. C-value reassessment of plant standards: an image cytometry approach. Plant cell Rep. 30: 2303–2312.
Praça -Fontes M. M., Carvalho C. R., Clarindo W. R., Cruz C. D. 2011b. Revisiting the DNA C-values of the genome size-standards used in plant flow cytometry to choose the “best primary standards”. Plant Cell Rep. 30: 1183–1191. DOI: 10.1007/s00299-011-1026-x
Praça-Fontes M. M., Carvalho C. R., Novaes C. R. 2009. Nuclear DNA content of three Eucalyptus species estimated by flow and image cytometry. Austral. J. Bot. 57(6): 524–531.
Rao B. V., Barathi M., Dev T. S., Singh M. 2015. Image cytometric analysis of nuclear and chromosomal DNA contents in two cytotypes of Aloe vera (L.) Burm. f. Nucleus (India)58: 53–57.
Rodenacker K., Bengtsson E. 2003. A feature set for cytometry on digitized microscopic images. Anal. Cell. Pathol. 25: 1–36.
Rosado T. B., Carvalho C. R., Saraiva L. S. 2005. DNA content of maize metaphasic A and B chromosomes determined by image cytometry. Maize Genet Cooperation Newsl 79: 48–49.
Roukos V., Pegoraro G., Voss T. C., Misteli T. 2015. Cell cycle staging of individual cells by fluorescence microscopy. Nature protocols 10(2): 334–348.
Salvador-Soler N., Macaya E. C., Rull-Lluch J., Gómez-Garreta A. 2016. Nuclear DNA content in Gelidium chilense (Gelidiales, Rhodophyta) from the Chilean coast. Rev. Biol. Mar. Oceanogr. 51(1):113–122. DOI 10.4067/S0718-19572016000100011
Santisteban M. S., Montmasson M. P., Giroud F., Ronot X., Brugal G. 1992. Fluorescence image cytometry of nuclear DNA content versus chromatin pattern: a comparative study of ten fluorochromes. J. Histochem. Cytochem. 40(11): 1789–1797.
Schindelin J., Arganda-Carreras I., Frise E., Kaynig V., Longair M., Pietzsch T. 2012. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods 9(7): 676–682.
Skaptsov M. V., Kutsev M. G., Smirnov S. V., Vaganov A. V., Uvarova O. V., Shmakov A. I. 2024. Standards in plant flow cytometry: an overview, polymorphism and linearity issues. Turczaninowia 27, 2: 86–104. DOI: 10.14258/turczaninowia.27.2.10
Slavík J. 1996. Fluorescence microscopy and fluorescent probes. New York: Plenum Press. Pp. 306.
Sliwinska E., Loureiro J., Leitch I. J., Šmarda P., Bainard J., Bureš P., Chumová Z., Horová L., Koutecký P., Lučanová M., Trávníček P., Galbraith D. W. 2022. Application-based guidelines for best practices in plant flow cytometry. Cytom. A: Special Issue: Best Practices in Plant Cytometry Part 2 101(9): 749–781. DOI: 10.1002/cyto.a.24499
Son J., Mandracchia B., Trenkle A. D. S., Kwong G. A., Jia S. 2023. Portable light-sheet optofluidic microscopy for 3D fluorescence imaging flow cytometry. Lab Chip 23(4): 624–630.
Strgulc K. S., Dolenc K. J. 2015. Sexual reproduction of knotweed (Fallopia sect. Reynoutria) in Slovenia. Preslia 87(1): 17–30.
Temsch E. M., Greilhuber J., Krisai R. 1998. Genome size in Sphagnum (Peat Moss). Bot. Acta 111: 325–330.
Vilhar B., Dermastia M. 2002. Standardisation of instrumentation in plant DNA image cytometry. Acta Bot. Croat. 61(1): 11–26.
Vilhar B., Greilhuber J., Koce J. D., Temsch E. M., Dermastia M. 2001. Plant genome size measurement with DNA image cytometry. Ann. Bot. 87: 719–728. DOI: 10.1006/anbo.2001.1394
Yang D., Subramanian G., Duan J., Gao S., Bai L., Chandramohanadas R., Ai Y. 2017. A portable image-based cytometer for rapid malaria detection and quantification. PLOS ONE 12(6): e0179161. DOI: 10.1371/journal.pone.0179161
Yuan X., Darcie T., Wei Z., Aitchison J. S. 2022. Microchip imaging cytometer: making healthcare available, accessible, and affordable. Opto-Electronic Advances 5(11): 210130-1–210130-15.
Zhao P. Z., Ouyang L. L., Shen A. L., Wang Y. L. 2022. The cell cycle of phytoplankton: A review. J. World Aquac. Soc. 53(4): 799–815.
Żurek-Biesiada D. 2015. Photoconversion of DNA-binding dyes and its application in super-resolution microscopy (Doctoral dissertation). Kraków: Jagiellonian University. 105 pp.
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
