Первые находки двух редких полипороидных грибов Picipes submelanopus и Picipes ulleungensis в России
УДК 582.284+581.95(571.14+571.150)
Аннотация
Молекулярно-генетические исследования морфологического рода Polyporus s. l. за последнее время позволили обнаружить среди его представителей наличие нескольких филогенетических линий, уточнить границы и объем таксона. Виды с черной кутикулой, покрывающей ножку плодового тела, были выделены в род Picipes. Большая часть представителей этого рода известна из Китая. В России из 29 видов рода встречается три широко распространенных вида Picipes – P. badius, P. melanopus, P. tubaeformis и один редкий вид – P. rhizophilus. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей избранных локусов ярДНК, полученных из собранных нами гербарных материалов, первоначально отнесённых к Picipes melanopus, позволил выявить наличие двух редких, морфологически сходных видов – P. submelanopus и P. ulleungensis, оказавшихся новыми для России. Picipes submelanopus характеризуется наземными плодовыми телами и отличается от P. melanopus, растущего на мертвой древесине. Все образцы плодовых тел Picipessubmelanopus, собранных нами в Западной Сибири, были обнаружены на корнях древесных растений, как и в типовом местонахождении в Китае. Picipes ulleungensis отличается от P. melanopus более крупными плодовыми телами, несколько более крупными порами. Для дифференциации Picipes submelanopus и P. ulleungensis от морфологически сходных видов, помимо морфологических признаков и экологических предпочтений, желательно использовать методы ДНК-штрихкодирования.
Скачивания
Metrics
Литература
Bhunjun Ch. S., Niskanen T., Suwannarach N., Wannathes N., Chen Y.-J., McKenzie E. H. C. et al. 2022. The numbers of fungi: are the most speciose genera truly diverse? Fungal Divers. 2022. 114 (1): 387–462. DOI: 10.1007/s13225-022-00501-4
Cui B. K., Li H. J., Ji X., Zhou J. L., Song J., Si J., Yang Z. L., Dai Y. C. 2019. Species diversity, taxonomy and phylogeny of Polyporaceae (Basidiomycota) in China. Fungal Divers. 97: 137–392. DOI: 10.1007/s13225-019-00427-4
Dai Y. C., Xue H. J., Vlasák J., Rajchenberg M., Wang B., Zhou L. W. 2014. Phylogeny and global diversity of Polyporus group Melanopus (Polyporales, Basidiomycota). Fungal Divers. 64: 133–144. DOI: 10.1007/s13225-013-0248-3
Felsenstein J. 2004. Inferring Phylogenies. Massachusetts: Sinauer Associates, Sunderland. 664 pp.
Gardes M., Bruns T. D. 1993. ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes-application to the identification of mycorrhizae and rusts. Mol. Ecol. 2: 113–118. DOI: 10.1111/j.1365-294X.1993.tb00005.x
He X., Zhao C.-L. 2022. Diversity of wood-decaying fungi in Wuliangshan area, Yunnan Province, P. R. China. Diversity 14(2): 131. DOI: 10.3390/d14020131
Ji X., Zhou J. L., Song C. G., Xu T. M., Wu D. M., Cui B. K. 2022. Taxonomy, phylogeny and divergence times of Polyporus (Basidiomycota) and related genera. Mycosphere 13(1): 1–52. DOI: 10.5943/mycosphere/13/1/1
Justo A., Hibbett D. S. 2011. Phylogenetic classification of Trametes (Basidiomycota, Polyporales) based on a five-marker dataset. Taxon 60(6): 1567–1583. DOI: 10.1002/tax.606003
Katoh K., Misawa K., Kuma K., Miyata T. 2002. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nuc. Acid. Res. 30: 3059–3066. DOI: 10.1093/nar/gkf436
Katoh K., Toh H. 2008. Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. Brief. Bioinform. 9(4): 286–298. DOI: 10.1093/bib/bbn013
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. 2018. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol.Evol. 35: 1547–1549. DOI: 10.1093/molbev/msy096
Nguyen L.-T., Schmidt H. A., von Haeseler A., Minh B. Q. 2015. IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol. Biol. Evol. 32(1): 268–274. DOI: 10.1093/molbev/msu300
Núñez M., Ryvarden L. 1995. Polyporus (Basidiomycotina) and Related Genera. Oslo: Fungiflora. 85 pp.
Picipes submelanopus (H. J. Xue et L. W. Zhou) J. L. Zhou et B. K. Cui. 2023. In: GBIF Secretariat [2022]. GBIF Backbone Taxonomy. Checklist dataset https://doi.org/10.15468/39omei accessed via GBIF.org on 2023-07-16. URL: https://www.gbif.org/species/9758626
Rambaut A. 2018. FigTree v.1.4.4. In: FigTree – Molecular Evolution, Phylogenetics and Epidemiology. URL: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ (Accessed 8 December 2022).
Runnel K., Miettinen O., Lõhmus A. 2021. Polypore fungi as a flagship group to indicate changes in biodiversity – a test case from Estonia. IMA Fungus 12: art. 2. DOI: 10.1186/s43008-020-00050-y
Tibpromma S., Hyde K. D., Jeewon R., Maharachchikumbura S. S. N., Liu J.-K., Bhat D. J. et al. 2017. Fungal diversity notes 491–602: taxonomic and phylogenetic contributions to fungal taxa. Fungal Divers. 83: 1–261 DOI: 10.1007/s13225-017-0378-0
Trifinopoulos J., Nguyen L.-T., von Haeseler A., Minh B. Q. 2016. W-IQ-TREE: a fast online phylogenetic tool for maximum likelihood analysis. Nuc. Acid. Res. 44(W1): 232–235. DOI: 10.1093/nar/gkw256
Vu D., Groenewald, M., de Vries M., Gehrmann T., Stielow B., Eberhardt U. et al. 2019. Large-scale generation and analysis of filamentous fungal DNA barcodes boosts coverage for kingdom fungi and reveals thresholds for fungal species and higher taxon delimitation. Stud.Mycol. 92: 135–154. DOI: 10.1016/j.simyco.2018.05.001
Xue H.-J., Zhou L.-W. 2012. Polyporus submelanopus sp. nov. (Polyporales, Basidiomycota) from Northwest China. Mycotaxon 122: 433–441. DOI: 10.5248/122.433
Zhou J.-L., Zhu L., Chen H., Cui B.-K. 2011. Taxonomic study on a threatened polypore, Polyporus pseudobetulinus, and a morphologically similar species, P. subvarius. Mycoscience 52(5): 319–326. DOI: 10.1007/S10267-011-0111-X
Zhou J.-L., Zhu L., Chen H., Cui B.-K. 2016. Taxonomy and phylogeny of Polyporus group Melanopus (Polyporales, Basidiomycota) from China. PLoS ONE 11(8): e0159495. DOI: 10.1371/journal.pone.0159495
Zmitrovich I. V., Kovalenko A. E. 2016. Lentinoid and polyporoid fungi, two generic conglomerates containing important medicinal mushrooms in molecular perspective. Int. J. Med. Mushr. 18(1): 23–38. DOI: 10.1615/IntJMedMushrooms.v18.i1.40
Змитрович И. В., Малышева В. Ф., Косолапов Д. А., Большаков С. Ю. Эпитипификация и описание Polyporus choseniae (Polyporales, Basidiomycota) // Микол. и фитопатол., 2014. Т. 48, № 4. С. 224–230.
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
