МОБИЛЬНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ ГЕНОМА СОРТОВ TRITICUM. КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ПЦР «В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ»

M. G. Kutsev, M. A. Kholodkova, M. S. Ivanova, D. V. Balabova, U. A. Boyarskikh, E. A. Khrapov, O. V. Uvarova, A. A. Kechaykin, T. A. Sinitsyna, M. V. Skaptsov, S. V. Smirnov, A. I. Shmakov

Аннотация


Исследовано относительное содержание ретротранспозонов Ty1/copia и 5.8S рДНК в геномах 9 сортов пшеницы. Разработана методика ПЦР с детекцией в режиме реального времени для выявления количества ретротранспозонов Ty1/copia и 5.8S рДНК. Выявлено повышенное относительное содержание ретротранспозонов в гексаплоидных сортах пшеницы по сравнению с тетраплоидными.

Полный текст:

PDF

Литература


Гончаров Н.П. Сравнительная генетика пшениц и их сородичей. – Новосибирск: Сиб. унив. изд-во, 2002. – 252 с.

Митрофанова О.П. Генетические ресурсы пшеницы в России: состояние и предселекционное изучение // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2012. – Т. 16, № 1. – С. 10–20.

Кудрявцев А.М. Создание системы генетических маркеров твердой пшеницы (T. durum Desf.) и ее применение в научных исследованиях и практических разработках: Дисс. … д-ра биол. наук. – М., 2007. – 305 с.

Куцев М.Г., Холодкова М.А., Смирнов С.В., Фризен Н.В. Сравнительный анализ распределения ретротранспозона Ty1-copia в сортах пшеницы // Turczaninowia, 2012. – Т. 15, № 4. – С. 95–97.

Abd El-Twab M.H. Physical mapping of the 45S rDNA on the chromosomes of Triticum turgidum and T. aestivum using fluorescence in situ hybridization for chromosome ancestors // Arab Journal of Biotechnology, 2007. – Vol. 10, № 1. – P. 69–80.

Altschul S., Gish W., Miller W., Myers E., Lipman D. Basic local alignment search tool //Journal of Molecular Biology, 1990. –Vol. 215, № 3. – Р. 403–410.

Bennett M.D., Smith J.B. Nuclear DNA amounts in angiosperms // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Series B – Biological Sciences, 1976. – Vol. 274. – P. 227–274.

Boyko E.V., Badaev N.S., Maximov N.G., Zelenin A.V. Does DNA content change in the course of Triticale breeding // Cereal Research Communications, 1984. – № 12. – P. 99–100.

Carvalho A., Guedes-Pinto H., Lima-Brito J. Intergenic spacer length variants in Old Portuguese bread wheat cultivars // Journal of Genetics, 2011. – Vol. 90, № 2. – P. 203–208.

Crockett A.O., Wittwer C.T. Fluorescein-labeled oligonucleotides for real-time pcr: using the inherent quenching of deoxyguanosine nucleotides // Anal. Biochem., 2001. – Vol. 290. – P. 89–97.

Dubouzet J.G., Shinoda K. ITS DNA sequence relationships between Lilium concolor Salisb., L. dauricum Ker-Gawl. and their putative hybrid, L. maculatum Thunb // Theoretical and Applied Genetics, 1999. – Vol. 98, № 2. – P. 213–218.

Dvorak J., Tetizi P., Zhang H.B., Resta P. The evolution of polyploid wheats: identification of the a genome donor species // Genome, 1993. – Vol. 36, № 1. – P. 21–31.

Flavell R.B., O’Dell M. The genetic control of nucleolus formation in wheat // Chromosoma, 1979. – Vol. 71. – P. 135–152.

Flavell R.B., Smith D.B. Variation in nucleolar organiser rRNA gene multiplicity in wheat and rye // Chromosoma, 1974. – Vol. 47. – P. 327–334.

Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kilian B., Glushkov S., Blinov A., Shumny V.K. Evolutionary history of wheats – the main cereal of mankind // Biosphere origin and evolution / Eds. N. Dobretsov et al. – Springer, 2008. – P. 407–419.

Greilhuber J., Dolezel J., Lysak M.A., Bennett M.D. The origin, evolution and proposed stabilization of the terms “Genome Size” and “C-Value” to describe nuclear DNA contents // Annals of Botany, 2005. – Vol. 95. – P. 255–260.

Higgins D.G., Bleasby A.J., Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment // Comput. Appl. Biosci., 1992. – Vol. 8. – P. 189–191.

Higgins D.G., Sharp P.M. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer // Gene, 1988. – Vol. 73. – P. 237–244.

Higgins D.G., Sharp P.M. Fast and sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer // Comput. Appl. Biosci., 1989. – Vol. 5. – P. 151–153.

Li W., Zhang P., Fellers J.P., Friebe B., Gill B.S. Sequence composition, organization, and evolution of the core Triticeae genome // Plant Journal, 2004. – Vol. 40, № 4. – Р. 500–511.

Liu K., Somerville S. Cloning and characterization of a highly repeated DNA sequence in Hordeum vulgare L. // Genome, 1996, Dec. – Vol. 39, № 6. – P. 1159–1168.

Luo M.-C., Yang Z.-L., Dvorak J. Position effects of ribosomal RNA multigene loci on meiotic recombination in wheat // Genetics, 1998. – Vol. 149. – P. 1105–1113.

Matsuoka Y., Tsunewaki K. Evolutionary dynamics of Ty1-copia group retrotransposons in grass shown by reverse transcriptase domain analysis // Molecular Biology and Evolution, 1999. – Vol. 16, № 2. – P. 208–217.

Nazarenko I., Pires R., Lowe B., Obaidy M., Rashtchian A. Effect of primary and secondary structure of oligodeoxyribonucleotides on the fluorescent properties of conjugated dyes // Nucleic Acids Research, 2002. – Vol. 30. – P. 2089–2195.

Nazarenko I.A., Bhatnager S.K., Hohman R.J. A closed tube format for amplification and detection of DNA based on energy transfer // Nucleic Acids Research, 1997. – Vol. 25. – P. 2516–2521.

Paux E., Roger D., Badaeva E., Gay G., Bernard M., Sourdille P., Feuillet C. Characterizing the composition and evolution of homoeologous genomes in hexaploid wheat through BAC-end sequencing on chromosome 3B // Plant Journal, 2006. – Vol. 48, № 3. – P. 463–474.

Rozen S., Skaletsky H.J. Primer 3 on the WWW for general users and for biologist programmers / Eds. S. Krawetz, S. Misener. – Bioinformatics methods and protocols: methods in molecular biology. – Totowa: Humana Press, 2000. – P. 365–386.

Swift H. The constancy of deoxyribose nucleic acid in plant nuclei // Proceedings of the National Academy of Sciences, 1950. – Vol. 36. – P. 643–654.

Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Molecular Biology and Evolution, 2011. – Vol. 28. – P. 2731–2739.


Ссылки

  • На текущий момент ссылки отсутствуют.


Адрес:  656049, Барнаул, пр. Ленина, 61, Алтайский государственный университет. 

Редакция журнала "Turczaninowia".  

Факс: (3852) 67-09-28; Тел.: (3852) 67-09-27, 36-86-39.

Журнал публикуется в издательстве Алтайского государственного университета.

С полным архивом журнала "Turczaninowia" можно ознакомиться на старой версии сайта.

Для настройки уведомлений о появлении новых выпусков журнала "Turczaninowia" на сайте, либо получении актуальной информации, в том числе объявлений, событий процесса отправки, рецензирования и пр., Вы можете воспользоваться модулем настройки уведомлений (справа на главной странице).

ISSN 1560-7259 Print, ISSN 1560-7267 Online

Электронное периодическое издание "Turczaninowia (Турчаниновия)" зарегистрировано как средство массовой информации.

Свидетельство о регистрации СМИ ЭЛ №ФС77-47579 от 30 ноября 2011 г. выдано Роскомнадзором РФ.


All contents licensed under GNU General Public License


© 1998 Turczaninowia