Филогенетическое положение Phlojodicarpus villosus (Apiaceae) на основе анализа последовательностей ITS и trnH-psbA
Аннотация
В международных открытых генетических базах данных отсутствуют сведения о нуклеотидных последовательностях для Phlojodicarpus villosus. Этот вид сосудистых растений представлен на Урале изолированными реликтовыми популяциями и включен в региональные Красные книги. Совместное применение ядерного и хлоропластного маркеров позволило надежно определить филогенетическое положение P. villosus в пределах трибы Selineae (подсемейство Apioideae, семейство Apiaceae). Установлено, что нуклеотидные последовательности ITS1-ITS2 и trnH-psbA достаточно информативны для того, чтобы идентифицировать представителей данного рода. Высокий полиморфизм полученных последовательностей P. villosus из разных частей ареала (Северный Урал и Колымское нагорье) и наличие эволюционных событий (делеции) оправдывает более пристальное изучение P. villosus и других таксонов рода Phlojodicarpus с использованием молекулярно-генетических методов.
Скачивания
Metrics
Литература
Banasiak L., Piwczynski M., Ulinski T., Downie S. R., Watson M. F., Shakya B., Spalik K. 2013. Dispersal patterns in space and time: a case study of Apiaceae subfamily Apioideae. Journal of Biogeography 40(7): 1324–1335. DOI: 10.1111/jbi.12071
Белковская Т. П. Растительность и флора заповедника «Вишерский» // Растительность и флора, грибы, лишайники заповедника «Вишерский». Соликамск, 2014. С. 18–258.
Benson D. A., Karsch-Mizrachi I., Lipman D. J., Ostell J., Wheeler D. L. 2004. GenBank: update. Nucleic Acids Research 32: D23–D26. DOI: 10.1093/nar/gkh045
Bhargava M., Sharma A. 2013 DNA barcoding in plants: evolution and applications of in silico approaches and resources. Mol. Phylogenet. Evol. 67(3): 631–41. DOI: 10.1016/j.ympev.2013.03.002
BOLD Systems. 2021. Published on the Internet. URL: http://www.boldsystems.org/ (Accessed 25 March 2021).
CBOL Plant Working Group 2009. A DNA Barcode for land plants. PNAS 106(31): 12794–12797. DOI: 10.1073/pnas.0905845106
Чикурова А. Д., Валуйских О. Е. Распространение, эколого-фитоценотическая приуроченность и структура популяций редкого на Урале вида Phlojodicarpus villosus (Apiaceae) // Биодиагностика состояния природных и природно-техногенных систем: Материалы ХVII Всеросс. науч.-практ. конф. Киров, 2019. С. 199–202.
Degtjareva G. V., Logacheva M. D., Samigullin T. N., Terentieva E. I., Valiejo-Roman C. M. 2012. Organization of chloroplast psbA-trnH intergenic spacer in dicotyledonous angiosperms of the family Umbelliferae. Biochemistry Moscow 77: 1056–1064. DOI: 10.1134/S0006297912090131
Downie S. R., Plunkett G. M., Watson M. F., Spalik K., Katz-Downie D. S., Valiejo-Roman C. M., Terentieva E. I., Troitsky A. V., Lee B. Y., Lahham J., El-Oqlah A. 2001. Tribes and clades within Apiaceae subfamily Apiodeae: The contribution of molecular data. Edinburgh Journal of Botany 58(2): 301–330. DOI: 10.1017/S0960428601000658
Downie S. R., Spalik K., Katz-Downie D. S., Reduron J.-P. 2010. Major clades within Apiaceae subfamily Apioideae as inferred by phylogenetic analysis of nrDNA ITS sequences. Plant Div. Evol. 128: 111–136. DOI: 10.1127/1869-6155/2010/0128-0005
Hebert P. D. N., Cywinska A., Ball S. L., Dewaard J. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proc. Royal Soc. Biological Sciences 270: 313–321. DOI: 10.1098/rspb.2002.2218
Клюйков Е. В., Остроумова Т. А., Захарова Е. А., Украинская У. А., Петрова С. Е. Атлас плодов зонтичных Европейской части России. М.: Ториус. 2018. 191 с. URL: https://botsad.msu.ru/atlas/
Князев М. С. Вздутоплодник мохнатый // Красная книга Свердловской области: животные, растения, грибы. Екатеринбург: ООО «Мир», 2018. С. 115.
Красная книга Пермского края. Приложение. 2018. Электронная версия. URL: http://redbook.permecology.ru
Kress W. J. 2017. Plant DNA barcodes: Applications today and in the future. Journal of Systematics and Evolution. Special Issue: Frontiers in Plant Systematics and Evolution 55(4): 291–307 DOI: 10.1111/jse.12254
Kress W. J., Erickson D. L. 2012. DNA barcodes: methods and protocols. Methods in Molecular Biology 858: 3–8. DOI: 10.1007/978-1-61779-591-6_1
Kress W. J., Erickson D. L., Jones F. A., Swenson N. G., Perez R., Sanjur O., Bermingham E. 2009. Plant DNA barcodes and a community phylogeny of a tropical forest dynamics plot in Panama. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 106(44): 18621–18626. DOI: 10.1073/pnas.0909820106
Kress W. J., Garcı’a-Robledo C., Uriarte M., Erickson D. L. 2015. DNA barcodes for ecology, evolution, and conservation. Trends in Ecol. et Evol. 30(1): 25–35. DOI: 10.1016/j.tree.2014.10.008
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. 2018. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution 35(1): 1547–1549. DOI 10.1093/molbev/msy096
Kuzmina M. L., Braukmann T. W. A., Fazekas A. J., Graham S. W., Dewaard S. L., Rodrigues A., Bennett B. A., Dickinson T. A., Saarela J. M., Catling P. M., Newmaster S. G., Percy D. M., Fenneman E., Lauron-Moreau A., Ford B., Gillespie L., Subramanyam R., Whitton J., Jennings L., Metsger D., Warne C. P., Brown A., Sears E., Dewaard J. R., Zakharov E. V., Hebert Paul D. N. 2017. Using herbarium derived DNAs to assemble a large scale DNA barcode library for the vascular plants of Canada. Applications in Plant Sciences 5(12): 1700079. DOI: 10.3732/apps.1700079
Лавренко А. Н., Улле З. Г., Сердитов Н. П. Флора Печоро-Илычского биосферного заповедника. СПб., 1995. 256 с.
Liu J., Shi L., Han J., Li G., Lu H., Hou J., Zhou X., Meng F., Downie S. R. 2014. Identification of species in the angiosperm family Apiaceae using DNA barcodes. Molecular Ecology Resources 14(6): 1231–1238. DOI: 10.1111/1755-0998.12262
Mateikovich P. A., Punina E. O., Kopylov-Guskov Yu. O., Nosov N. N., Gudkova P. D., Gnutikova A. A., Machs E. M., Mikhailova Yu. V., Krapivskaya E. E., Rodionov A. V. ITS1-5.8S rDNA-ITS2 and trnL-trnF DNA sequences as markers for the study of Altai feather grasses species diversity. Russian Journal of Genetics 56(4): 417–428. DOI: 10.1134/S1022795420040067
Матвеева Т. В., Павлова О. А., Богомаз Д. И., Демкович Е. А., Лутова Л. А. Молекулярные маркеры для видоидентификации и филогенетики растений // Экологическая генетика, 2011. Т. IX, № 1. С. 32–43.
Menglan S., Watson M. Flora of Mongolia. Virtual Guide. Plant Database as Practacal Approach. 2010. URL: https://floragreif.uni-greifswald.de/
NCBI [2021]. National Center for Biotechnology Information. Published on the Internet: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (Accessed 25 March 2021).
Ostroumova T. A. 2018. Fruit micromorphology in the Umbelliferae of the Russian Far East. Botanica Pacifica. A journal of plant science and conservation 7(1): 41–49. DOI: 10.17581/bp.2018.07107
Пименов М. Г. Phlojodicarpus Turcz. // Флора Сибири. Под ред. Л. И. Малышева Т. 10. Новосибирск: Наука. 1996. С. 180–182.
Пименов М. Г. 2012. Cемейство Apiaceae Lindl., Umbelliferae Juss. // Конспект флоры Азиатской России. Сосудистые растения. Новосибирск: СО РАН. С. 281–296.
Пименов М. Г. Обновленный конспект зонтичных (Umbelliferae) Средней Азии и Казахстана: номенклатура, синонимия, типификация, распространение // Turczaninowia, 2020. T. 23, № 4. С. 127–257. DOI: 10.14258/turczaninowia.23.4.12
Pimenov M. G., Leonov M. V. 1993. The genera of the Umbelliferae. A nomenclator. Kew: Royal Botanic Gardens. 156 pp.
Пименов М. Г. Остроумова Т. А. Зонтичные (Umbelliferae) России. М.: Тов-во науч. изд. КМК, 2012. 477 с.
Секретарева Н. А. Сосудистые растения Российской Арктики и сопредельных территорий. М.: Тов-во науч. изд. КМК, 2004. 131 с.
Shadrin D., Valuyskikh O., Kanev V. 2020. A checklist of the flowering plants of Komi Republic (northeast of European Russia) and their representation in BOLD and GenBank databases. Acta Biologica Sibirica 6: 357–367. DOI: 10.3897/abs.6.e54572
Shekhovtsov S. V., Shekhovtsova I. N., Peltek S. E. 2019. DNA barcoding: methods and approaches. Biol. Bull. Rev. 9: 475–483. DOI: 10.1134/S2079086419060057
Shneyer V. S. 2009а. DNA barcoding is a new approach in comparative genomics of plants. Russian Journal of Genetics 45(11): 1267–1278.
Шнеер В. С. ДНК-штрихкодирование видов животных и растений – способ их молекулярной идентификации и изучения биоразнообразия // Журн. общ. биол., 2009. Т. 70, № 4. С. 296–315.
Шнеер В. С., Родионов А. В. ДНК-штрихкоды растений // Усп. совр. биол., 2018. Т. 138, № 6. С. 531–537. DOI: 10.7868/S0042132418060017
Сипливинский В. Н. Систематика и генезис рода Phlojodicarpus Turcz. ex Ledeb. // Новости сист. высш. раст., 1970. № 7. С. 257–268.
Tate J. A., Simpson B. B. 2003. Paraphyly of Tarasa (Malvaceae) and diverse origins of the polyploid species. Systematic Botany 28: 723–737. DOI: 10.1043/02-64.1
Thompson J. D., Higgins D. G., Gibson T. J. 1994. CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research 22(22): 4673–4680. DOI: 10.1093/nar/22.22.4673
Тихомиров В. Н. Umbelliferae Juss. (Apiaceae Lindl.) – Зонтичные // Арктическая флора СССР. Вып. VIII. Под ред. А. И. Толмачева, Б. А. Юрцева. Л., 1980. С. 88–90.
Улле З. Г., Валуйских О. Е. Вздутоплодник мохнатый // Красная книга Республики Коми. Сыктывкар: ООО «Коми республиканская типография», 2019. C. 430.
Валуйских О. Е., Канев В. А. Новые сведения о распространении редких видов сосудистых растений на хребте Поясовый Камень (Северный Урал) // Бот. журн., 2019. Т. 104, № 9. С. 1036–1043. DOI: 10.1134/S000681361909014X
Васина А. Л. Вздутоплодник мохнатый // Красная книга Ханты-Мансийского автономного округа – Югры: животные, растения, грибы. Екатеринбург: Изд-во Баско, 2013. С. 178.
Weigand H., Beermann A. J., Ciampor F., Costa F. O., Csabai Z., Duarte S., Geiger M. F., Grabowski M., Rimet F., Rulik B., Strand M., Szucsich N., Weigand A. M., Willassen E., Wyler S. A., Bouchez A., Borja A., Ciamporova-Zatovicova Z., Ekrem T. 2019. DNA barcode reference libraries for the monitoring of aquatic biota in Europe: Gap-analysis and recommendations for future work. Science of The Total Environment 678: 499–524. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2019.04.247
Zhokhova E. V., Rodionov A. V., Povydysh M. N., Goncharov M. Yu., Protasova Ya. A., Yakovlev G. P. 2019. Current state and prospects of DNA barcoding and DNA fingerprinting in the analysis of the quality of plant raw materials and plant-derived drugs. Biology Bulletin Reviews 9: 301–314. DOI: 10.1134/S2079086419040030
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
