Популяционно-генетический анализ бука восточного (Fagus orientalis Lipsky) с территории Крыма и Кавказа
Аннотация
Изучена генетическая структура 20-и популяций бука восточного (Fagus orientalis Lipsky) с территории Крыма и Кавказа на основе полиморфизма микросателлитных повторов (SSR – simple sequence repeats). Тест на изоляцию дистанцией, проведенный в программе GenePop. показал высокую корреляцию генетических различий и логарифма географической дистанции в единицах географических координат на уровне 0,91. Межпопуляционная генетическая дифференциация Fagus orientalis (Fst) составила от 0,01 до 0,67. На основе полученных генетических данных и анализа литературы по фоссильным материалам представлена предварительная реконструкция возможных путей распространения и становления современного ареала вида в Крыму и на Кавказском перешейке в пределах Кавказского экорегиона. Наиболее раннее отделение произошло у популяций горного Крыма и Ставропольской возвышенности, которые в условиях островной изоляции сохранили уникальные черты генотипа предковой формы. Близки к предковой форме, по-видимому, и буки из реликтовых среднегорных популяций в рефугиумах мезофильной растительности: Колхидском (Авадхара, Абхазия) на западе и Кахетинском (Лагодехи, Грузия) на востоке. Наблюдаемое сходство на верхней границе букового пояса в различных районах Кавказского перешейка указывает на параллелизм в развитии и становлении высокогорных популяций вида.
Скачивания
Metrics
Литература
Алиев Х. У., Туниев Б. С., Агасян А. Л. Геоботаническая характеристика и структура реликтового букняка в Шикахохском заповеднике (Южная Армения) // Takhtajania, 2018. Вып. 4. С. 31–36.
Арушанян Р. И. Реликты Нагорного Карабаха и новые местонахождения их // Бот. журн., 1973. Т. 58, № 5. С. 700–706.
Assyov B., Petrova A., Dimitrov D., Vassilev R. 2012. Conspectus of the Bulgarian Vascular Flora. Sofia. 489 pp.
Баранов В. И. О чем говорят песчаники Камышина и пески Ергеней. Сталинград, 1952. 46 с.
Davis P. H. 1982. Fagus L. In: Flora of Turkey. Vol. 7. Edinburgh: University Press. Pр. 657–658.
Denk Th., Frotzier N., Davitashvili N. 2001. Vegetational patterns and distribution of relict taxa in humid temperate forests and wetlands of Georgia (Transcaucasia). Biological Journal of the Linnean Society 72: 287–332. DOI: 10.1006/bijl.2000.0502
Denk Th., Grimm G., Stögerer K. K., Langer M., Hemleben V. 2002. The evolutionary history of Fagus in western Eurasia: Evidence from genes, morphology and the fossil record. Plant Systematics and Evolution 232: 213–236.
Earl D. A., Von Holdt B. M. 2012. Structure harvester: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conserv. Genet. Res. 4: 359–361. DOI: 10.1007/s12686-011-9548-7
Гаджиев В. Д., Алекперов А. М., Эфендиев М. Р., Мустафаева Р. К. Закатальский заповедник. М., 1985. 184 с.
Гроссгейм А. А. Анализ флоры Кавказа // Tр. ботан. ин-та Азерб. фил. АН СССР. Баку, 1936. № 1. С. 1–257.
Гвоздецкий Н. А. Кавказ. Очерк природы. М.: Географгиз, 1963. 264 с.
Колаковский А. А. К истории бука в Евразии // Бюл. МОИП. Отд. биол., 1960. Т. 3. С. 143–155.
Колаковский А. А. Некоторые данные по палеогеографии Кавказа в связи с формированием его флоры // Тр. Сухумс. бот. сада, 1974а. Вып. 20. С.115–131.
Колаковский А. А. Вертикальная поясность лесной растительности Колхиды в третичное время // Тр. Тбил. ин-та леса, 1974б. Т. 21. С. 98–115.
Колаковский А. А. Флора Абхазии. В 4-х т. Т. 2. Тбилиси: Мецниереба, 1982. 314 с.
Криштофович А. Н. Происхождение ксерофитных растительных формаций в свете палеоботаники // Пустыни СССР и их освоение. М.–Л.: АН СССР, 1954. Т. 2. С. 583–596.
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. 2018. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 35(6): 1547–1549.
Кузнецов Н. И. Принципы деления Кавказа на ботанико-географические провинции // Записки Императорской АН, 1909. Т. 24, № 1. С. 1–174.
Laurent L. 1905. Flore Pliocene des Cinerites du Pas-de-la-Mougudo et de-Saint-Vincent-la-Sabie (Cantal), Avec une introduction géologique et paléontologique par P. Marty. Ann. du Musée Hist. Nat. de Marseille. Géologie 9: 313.
Mantel N. 1967. The detection of disease clustering and a generalized regression approach. Cancer Research 27: 209–220.
Margi D., Vendramin G. G., Comps B., Dupanloup I., Geburek Th., Gömöry D., Latalowa M., Litt Th., Paule L., Roure J. M., Tantau I., Knaap W. O., Petit R. J., Beaulieu J.-L. 2006. A new scenario for the Quaternary history of European beech populations: palaeobotanical evidence and genetic consequences. New Phytologist 171(1): 199–221. DOI: 10.1111/j.1469-8137.2006.01740.x
Марков К. К., Лазуков Г. И., Николаев В. А. Четвертичный период (ледниковый период – антропогеновый период). Т. 1. М.: Моск. ун-т, 1965. 371 с.
Маруашвили Л. И. Целесообразность пересмотра существующих представлений о палеогеографических условиях ледникового времени на Кавказе. Тбилиси: Мецниереба, 1956. 113 с.
Меницкий Ю. Л. Дубы Азии. Л.: Наука, 1984. 284 с.
Меницкий Ю. Л. Fagus L. // Конспект флоры Кавказа. Т. 3, ч. 2. СПб.–М.: тов. науч. изд. КМК, 2012. С. 286.
Metsalu T., Vilo J. 2015. ClustVis: A web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap. Nucleic Acids Res. 43(1): 566–570. DOI: 10.1093/nar/gkv468
Müller M., Lopez P. A., Papageorgiou A. C., Tsiripidis I., Gailing O. 2019. Indications of genetic admixture in the transition zone between Fagus sylvatica L. and Fagus sylvatica ssp. orientalis Greut. & Burd. Diversity 11(6): 90. DOI: 10.3390/d110600090
Палибин И. В. Этапы развития флоры Прикаспийских стран со времени мелового периода // Сов. ботаника, 1935. № 3. С. 10–50.
Pastorelli R., Smulders M. J. M., Van’t Westende W. P. C., Vorman B., Giannini R., Vettori C., Vendramin G. G. 2003. Characterization of microsatellite markers in Fagus sylvatica L. and Fagus orientalis Lipsky. Mol. Ecol. Notes 3: 76–78.
Raymond M., Rousset F. 1995. GENEPOP (version 1.2): population genetics software for exact tests and ecumenicism. J. Heredity 86: 248–249.
Pritchard J. K., Stephens M., Donnelly P. 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 155(2): 945–959.
Rousset F. 2000. Genetic differentiation between individuals. Evol. Biol. 13: 58–62.
Rousset F. 2008. Genepop’007: a complete reimplementation of the Genepop software for Windows and Linux. Mol. Ecol. Resources 8: 103–106. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x
Сафаров И. В. Дзельква, ее биолого-экологические особенности и хозяйственное значение // Изв. АН Азерб. ССР, 1966. Вып. 1. С. 18–24.
Sagheb‐Talebi Kh., Schütz J.‐Ph. 2002. The structure of natural oriental beech (Fagus orientalis) forests in the Caspian region of Iran and potential for the application of the group selection system Forestry. International Journal of Forest Research 75(4): 465–472.
Соколов С. Я., Связева О. А., Кубли В. А. Ареалы деревьев и кустарников СССР. Т. 1. Л.: Наука, 1977. 163 с.
Тахтаджян А. Д. К истории развития растительности Армении // Тр. Бот. ин-та АН Арм. ССР, 1946. Т. 4. С. 51–107).
Тахтаджян А. Л. Флористические области Земли. Л.: Наука, 1978. 219 с.
Тимухин И. Н., Туниев Б. С. Плейстоценовые рефугиумы высокогорной флоры в предгорьях Северной Колхиды (Краснодарский край, Сочи) // Труды XIV Съезда Русского ботанического общества и конференции «Ботаника в современном мире». Махачкала: АЛЕФ, 2018. С. 201–203.
Tuniyev B. S. 1990. On the independence of the Colchis Center of Amphibian and Reptile speciation. Asiat. Herpet. Res. 3: 67–84.
Tuniyev B. S. 1997. About exact borders of the Colchis biogeographical province. Herpetology 4(2): 182–185.
Tuniyev B. S., Orlov N. L., Ananjeva N. B., Agasyan A. L. 2019. Snakes of the Caucasus: taxonomic diversity, distribution, conservation. St. Petersburg; Moscow: KMK Scientific Press Ltd. 278 pp.
Варданян Ж. А., Габриелян И. Г. Характерные черты формирования и развития дендрофлоры и древесной растительности Армении и сопредельных территорий // Takhtajania, 2011. № 1. С. 144–150.
Верещагин Н. К. Млекопитающие Кавказа. М.–Л.: АН СССР, 1959. 703 с.
Weir B. S., Cockerham C. C. 1984. Estimating F-Statistics for the Analysis of Population-Structure. Evolution 38: 1358–1370.
Wortemann R., Herbette S., Barigah T. S., Fumanal B., Alia R., Ducousso A., Gomory D., Roeckel-Drevet P., Cochard H. 2011. Genotypic variability and phenotypic plasticity of cavitation resistance in Fagus sylvatica L. across Europe. Tree Physiology 31: 1175–1182. DOI: 10.1093/treephys/tpr101
Уведомление об авторских правах
Turczaninowiа является "золотым издателем", так как мы позволяем самоархивирование, но самое главное, мы полностью прозрачны в своих правах.
Авторы могут представить и обсудить свои выводы перед публикацией: в биологических или научных конференций, на допечатной серверах, в общедоступных базах данных, а также в блогах, вики, твиттерах и другие неформальных каналах связи.
Turczaninowiа позволяет авторам внести рукописи (находящуюся в настоящее время на рассмотрении или тех, которые предполагается предоставить в Turczaninowia) для архивирования в некоммерческих, допечатных серверах, таких как ArXiv.
Авторы, публикующиеся в этом журнале согласны со следующими условиями: авторы сохраняют свои авторские права и предоставляют журналу право первой публикации в связи с работой, которая одновременно распространяется по лицензии Creative Commons Attribution и позволяют другим иметь доступ к работе с признанием авторства этой работы и первоначальной публикацией в этом журнале. Авторы могут заключать отдельные, дополнительные договорные соглашения по неисключительному распространению опубликованной версии (например, разместить ее в институтском репозитории или опубликовать в книге), с признанием ее первоначальной публикации в этом журнале.
Авторам разрешается и рекомендуется размещать их работу в Интернете (например, в институциональных хранилищах или на их сайте) до и во время процесса подачи, так как это может привести к продуктивным обменам, а также увеличению цитирования опубликованных работ (см. Политика открытого доступа)
Политика открытого доступа.
Заявление о конфиденциальности
Имена и адреса электронной почты, поданные при публикации в этом журнале, сайт будет использоваться исключительно для заявленных целей данного журнала, и они не будут доступны для любых других целей или какой-либо другой стороне.
Наша публикационная этика журнала основана, в значительной степени, на руководящих принципах и стандартах, разработанных Комитетом по этике публикации (COPE). Соответствующие обязанности и права авторов, рецензентов и редакторов журнала изложены ниже.
ОБЯЗАННОСТИ АВТОРОВ
Отправляя рукопись "Turczaninowia", автор (ы) гарантирует, что они отправляют рукопись как свою собственную, оригинальную работу, и что она не имеет ни были опубликованы ранее, и в настоящее время не рассматривается для публикации в других изданиях. Они также гарантируют, что источники каких-либо идей и / или слов в рукописи, которые не являются их собственными, были должным образом приписаны с помощью соответствующего цитирования.
Автор обычно не должен издавать рукописи, описывающие по существу те же исследования, в нескольких журналах или прочих публикациях. Такая избыточная публикация обычно считается неэтичным поведением, и в случае обнаружения, может привести к отклонению рассматриваемой рукописи рассматриваемого отвергаются, или опубликованная статья будет изъята.
Авторы рукописей, освещающих оригинальные исследования должны представить точный отчет о выполненной работе, в сопровождении объективного обсуждения его значения. Основополагающие данные должны быть представлены точно и полно в рукописи. Рукопись должна содержать достаточно подробные данные и ссылки, чтобы позволять другим дублировать работу. Подтасовка результатов и изготовление поддельных или заведомо неточных утверждений является неэтичным поведением и может быть причиной для отклонения или изъятия рукописи или опубликованной статьи.
Там, где в статьях есть отчеты о использовании коммерческого программного обеспечения, аппаратных средств или других продуктов, авторы должны подать декларацию в начале рукописи, в которой они должны заявить, что никакого конфликта интересов не существует или описать характер любого потенциального конфликта. Все источники финансовой поддержки для исследования также должны быть раскрыты в рукописи.
Автор (ы) рукописи соглашаются, что, если рукопись принята к публикации в "Turczaninowia", опубликованная статья будет характьеризоваться авторскими правами с использованием "Attribution-Unported" лицензии Creative Commons. Эта лицензия позволяет автору (ам) сохранить авторские права, но и позволяет другим свободно копировать, распространять и отображать произведение и производные работы, основанные на ней, при определенных заданных условиях.
Имена авторов должны быть перечислены на статье в порядке их вклада в статью, и все авторы берут на себя ответственность за свои собственные результаты. Только те люди, которые внесли существенный вклад, должны быть перечислены в качестве авторов; те, чьи вклады являются косвенными или маргинальными (например, коллег или руководителей, которые рассмотрели проекты работы или оказывали помощь в корректуре, и руководители научно-исследовательских институтов / центров / лабораторий) должны быть названы в разделе «Выражение признательности» в конце статьи, непосредственно предшествующему Списку литературы.
Автор, подающий статью, должен обеспечить, чтобы все соавторы былм включены в статью, и что все соавторы видели и одобрили окончательный вариант статьи и согласились на его публикацию.
Там, где автор обнаруживает существенную ошибку или неточность в статье, которая была уже опубликована в "Turczaninowia", он / она обязана незамедлительно уведомить редакцию и сотрудничать с ними, чтобы исправить статью или отозвать ее в случае необходимости.
ОБЯЗАННОСТИ РЕЦЕНЗЕНТОВ
В журнале "Turczaninowia" рецензенты выполняют работу для журнала на добровольной основе. Учитывая, что большинство из этих людей находятся в полной занятости, их рецензирование для "Turczaninowia" должна выолняться по мере необходимости, а не быть их главным приоритетом. Рецензенты могут свободно отклонять приглашения для рассмотрения конкретных рукописей по своему усмотрению, например, если их текущая нагрузка, занятость и / или другие обязательства могут сделать ее непомерно высокой для того, чтобы завершить обзор своевременно и уделить должное время рецензированию. Они также не должны принимать рукописи на рецензию, в тематике которых они не чувствуют себя подходящим специалистом.
Рецензенты, которые приняли рукописи, как правило, должны предоставить свои рецензии в течение трех недель. Они должны отказаться от рецензии, если становится очевидным для них на любой стадии, что они не обладают необходимыми знаниями для выполнения рецензии, или что они могут иметь потенциальный конфликт интересов при проведении рецензии (например, в результате конкурентных исследований, совместных или других отношений или связей с кем-либо из авторов, учреждений или компаний, связанных с рукописью).
Информация или идеи, полученные рецензентами в процессе рецензирования должны храниться в тайне и не используются для личной выгоды. Любые рукописи, полученные для рассмотрения, должны рассматриваться как конфиденциальные документы, и не должны быть показаны или обсуждены с другими, если только это не санкционировано редакторами "Turczaninowia".
При проведении своих рецензий, рецензентам необходимо сделать это как можно более объективно, воздерживаться от участия в личной критики автора (ов). Им предлагается высказать свое мнение четко, объясняя и оправдывая все рекомендации. Они всегда должны пытаться представить подробную и конструктивную обратную связь, чтобы помочь автору (ам) в повышении эффективности их работы, даже если рукопись, по их мнению, не подлежит опубликованию.
Рецензенты должны определить в своих рецензиях соответствующие опубликованные работы, которые не были названы автором (ами), вместе с любыми примерами, где не было сделано надлежащее цитирование источников. Они должны привлечь внимание ответственного редактора в отношении каких-либо серьезных сходств между рукописью, поданной на рассмотрение и других опубликованных статей, или статей, о которых им известно, а также предотвратить любые проблемы, которые могут иметь место по отношению к этической приемлемости исследований, представленных в рукописи.
ОБЯЗАННОСТИ РЕДАКЦИИ
Редактор журнала "Turczaninowia" несет полную ответственность за решение о публикации рукописи, которая представляется в "Turczaninowia", и при этом руководствуется политикой журнала, и в соответствии с определенными редакцией "Turczaninowia" юридическими требованиями в отношении клеветы, нарушения авторских прав и плагиата. Редактор может проконсультироваться с заместителями Редактора и другими членами редакционной коллегии, а также с рецензентами, для принятии решений о публикации.
Редакция будет оценивать рукописи с точки зрения ее интеллектуального содержания без учета расы, цвета кожи, пола, сексуальной ориентации, религиозных убеждений, этнического происхождения, гражданства или политической философии автора (ов). Они не будут никому разглашать какую-либо информацию о рукописи, кроме автора (ов), рецензентов и потенциальных рецензентов, а в некоторых случаях членов редакционной коллегии "Turczaninowia" и членов команды управления журналом, в зависимости от обстоятельств. Кроме того, редакция будет прилагать все усилия, чтобы обеспечить целостность процесса слепого рецензирования, не раскрывая личности автора (ов) рукописи для рецензентам этой рукописи, и наоборот.
При оценке рукописи для публикации, в дополнение к рассмотрению стандартных критериев, относящихся к строгости рукописи, качеству ее предоставления, а также ее вклад в область научных знаний, редакторы также будут руководствоваться тем, насколько этические нормы были соблюдены, и вред был сведен к минимуму при проведении исследования. Они также оценивают насколько полученные научные и практические выгоды перевешивают вред в случае конкретного исследования.
Так как "Turczaninowia" приветствует предоставление рукописей из любой страны, необходимо признать, что законы и нормативные акты, касающиеся этики научных исследований и этического утверждения, различаются во всем мире. Таким образом, редакторам, возможно, придется обратиться за разъяснениями в связи с этим к автору (ам) с просьбой о том, чтобы они представили письмо от соответствующего институционального комитета по этике или совета, который одобрил исследование.
Редакция будет руководствоваться Руководством CORE для изъятия статей при рассмотрении любых спорных вопросов, которые были опубликованы в AASRJ. Редакторы готовы работать в тесном сотрудничестве с научно-исследовательскими организациями и учреждениями в соответствии с рекомендациями CORE о сотрудничестве между научно-исследовательскими институтами и журналами в области публикационной этики и этики проведения исследований.
"Turczaninowia" является журналом открытого доступа, что означает, что все его содержимое свободно и доступно бесплатно для пользователя или его / ее учреждения. Пользователи могут читать, загружать, копировать, распространять, печатать, выполнять поиск, делать ссылки на полные тексты статей в этом журнале, не спрашивая предварительного разрешения от издателя или автора. Это легитимно в соответствии с определением BOAI об открытом доступе.
Наш сайт демонстрирует знак Creative Commons, и это исключительное право автора, если он / она хочет, чтобы его / ее статьи были в свободном доступе или нет. Но мы должны опубликовать Резюме и метаданные статьи в полном доступе в любом случае.
