Секвенирование и GO аннотация транскриптома культуры клеток и тканей Rumex acetosa in vitro

Аннотация

В работе представлены данные секвенирования, de novo сборки и функциональная аннотация транскриптома каллусной культуры Rumexacetosa . Каллусную культуру поддерживали в течение двенадцати месяцев в присутствии бензиладенина и нафтилуксусной кислоты. Библиотеку кДНК готовили с использованием метода лигирования адаптеров по стандартному протоколу производителя секвенатора. В работе не использовали технику «shotgun», так как требовался только спектр экспрессирующих генов. Всего было получено 74067 прочтений с общим содержанием нуклеотидов 25110194 п.о. В результате сборки было получено 10169 контиг cо средней длиной 339 п.о. На основе гомологии последовательностей из общего количества контиг в категории «биологические процессы» доминировали для транскриптома каллуса: «процессы клеточного метаболизма», «процессы метаболизма азота», «биосинтетические процессы» и «процессы метаболизма органических субстанций». В категории «молекулярные функции» доминировали: «трансферазная активность», «активность связывания гетероцикличных соединений» и «активность связывания ионов». В категории «клеточный компонент» доминировали: «макромолекулярный комплекс», «органеллы», «клетка», «мембрана». По сравнению с контрольным транскриптомом полученный нами результат отличался сниженным разнообразием GO подкатегорий. Вариации в экспрессии групп генов могут являться доказательством эпигенетической изменчивости, выявленными нами в результате анализа транскриптома и GO аннотации. Пул мРНК менее разнообразен в каллусных линиях, что, видимо, связано со снижением специализации и дедифференцировкой клеток. Для пула мРНК культуры клеток R. acetosa было отмечено высокое содержание транскриптов ретроэлементов, таких как Copia и Gypsy. Подобные результаты свидетельствуют о возможном стрессовом ответе культур invitro клеток и тканей R. acetosa и высокой изменчивости генома.